今天分享一篇“lncRNA＋肿瘤”的文献“Long noncoding RNA SNHG12 promotes tumour progression and sunitinib resistance by upregulating CDCA3 in renal cell carcinoma” （Biomed Rsearch International, IF=2.27），分数不高，但研究思路比较简单，适合模仿。
舒尼替尼（sunitinib）等靶向药物能够治疗肾细胞癌（RCC），但半年之后通常会出现耐药性，因此严重影响预后和生存率。非编码RNA（lncRNA）对基因转录和蛋白质翻译都有重要的调控作用，并且研究发现lncRNA在肿瘤细胞的增殖转移、凋亡抑制和耐药性方面都具有功能。其中lncRNA SNHG12被发现能结合microRNA（长度为22bp左右的非编码RNA），起到“分子海绵”的作用，从而促进肿瘤增殖转移和上皮细胞转化（EMT）以及参与多种药物耐药，但SNHG12在RCC中的作用及机制尚不明确。
首先利用生物信息数据库（TCGA和）结合测序数据筛选参与舒尼替尼耐药性的lncRNA，最终获得4个候选的lncRNA。并且通过Oncomine数据库发现4个候选的lncRNA：只有SNH12的表达量与肾透明细胞癌患者的生存率、肿瘤评级等密切相关，SNHG12表达增加表明生存期缩短，肿瘤分级和分期升高，推断SNH12可能作为肾细胞癌（RCC）疾病的潜在标志物。
接着作者通过GEO数据集，筛选出与SNHG12表达相关的排名靠前的差异表达基因，通过维恩交集得到6个肿瘤相关的候选基因。通过敲除和过表达SNHG12，分别检测候选基因表达量，结合生物信息学分析以及qRT-PCR等实验验证，筛选到的6个基因：仅CDCA3基因的表达量与SNHG12有一致性趋势。
同时作者进一步结合TCGA数据库对SNHG12和CDCA3进行相关性分析，以及免疫组化、Western Blot等实验确定CDCA3转录的RNA和蛋白在RCC组织中均高表达。
既然SNHG12和CDCA3与RCC有关系，那么接下来作者进行实验验证，首先进行体外实验验证，敲除和过表达SNHG12，利用CCK8、Transwell迁移等实验检测RCC细胞的侵袭和迁移能力以及细胞周期。结果表明：敲除SNHG12后RCC细胞增殖、侵袭和迁移等能力下降，细胞周期停留在G0/G1期，过表达SNHG12结果则相反。得出：SNHG12能够通过CDCA3来增强RCC细胞的增殖和转移。
既然SNHG12能够通过CDCA3来增强RCC细胞的增殖和转移，那么这些又对舒尼替尼的耐药性影响如何呢？于是作者接着探究，同样利用生物信息学分析SNHG12、CDCA3与肿瘤细胞耐药性的关系，同时结合RT-qPCR、Western Blot等体外实验检测耐药细胞中SNHG12、CDCA3的表达量；以及敲除和过表达SNHG12和CDCA3后细胞的增殖情况。
同时作者在动物水平得出相同的结论，即SNH12和CDCA3均能促进肿瘤细胞对舒尼替尼的耐药性，并且敲除SNH12或CDCA3能有效降低耐药性。
现在来看，文章已经实验完整，逻辑清晰，最后作者进一步力求完美，通过分子实验解析出SNHG12和CDCA3互作机制，当SNHG12与SP1结合后，SP1会直接结合CDCA3启动子。在机制加持下，使得整体文章完美闭环。
本文献利用测序结合数据库挖掘出目标lncRNA ——SNHG12，并顺藤摸瓜找到相应的调控基因——CDCA3，证实lncRNA SNHG12可以通过结合SP1来提高CDCA3表达促进肾细胞癌发展和耐药性。可以作为国自然“lncRNA＋肿瘤”研究的模板，将基因、表型、机制外加药物作用联系起来，我们想说以上四者中聚焦任意两点，深挖也能出不错的文章吆，赶紧行动起来吧。
