如何4个月时间从生信小白到发20+的纯生信文章

2020年疫情宅家的4个月,想必对很多科研狗都是一次折磨,尤其是对于需要现场做实验的生医科宝宝们,以至于现在稍微有风吹草动都会重新陷入停实验的恐慌。这段长时间的停工也告诉我们一个道理,掌握一门脱离湿实验也可发文的技能是多么重要。为了克服焦虑,也能实质性走出“产出不够”,“毕不了业”的困境,笔者在对生信观望、拖延后迈出了尝试性的一步,在4个月的时间里边学边想边写,产出了多篇4-6分文章。身边有很多朋友问笔者是怎么快速实现从入门到发文的,今天就给大家分享一下超详细经验~

01
欲速不达?生信是否可以速成

虽然说很多事情都是“欲速则不达”,但是现在市场上多种多样不同组织的生信课程,甚至有些“零代码”的思路,着实为我们这种代码小白提供了速成的机会!

笔者在开始着手实操之前,比较了“零代码”与“R语言”生信发出的文章,也尝试了用在线分析软件零代码复现文章,对比之下发现,零代码更易上手,相对时间成本和金钱成本最低,但其不足也很明显,比如对肿瘤的类型有限制,并不能实现所有的实验设计,图片相对没有代码跑出的美观,且一般文章分数较低。思考在三,笔者决定踏入“R语言”的大门。

(图片源自:Google图片)

那么如何入门R语言,又怎么挑选课程呢?这里建议大家不要盲从,适合自己的才是最好的。笔者在做决定之前,先去某粉色学习小软件看了多个平台的公开课,从课程难易度、讲解接受度、课程是否契合研究方向等考量出发,选中了某平台的课程并根据自己的实验设想氪金了相应的课程。一般这种成熟的课程会自带讲解视频、现成代码,从如何安装软件开始讲解,傻瓜式入门,很难学不会,为没有时间从头学习R语言的小菜鸟提供了极大的便利。但是这种相对速成的方法也有些限制,比如当你对实验有自己的设计和想法而课程中没有现成的脚本时,或某个脚本运行中反复报错时,没有R语言基础的你就很难自行解决。所以笔者建议,如果抱着长期学习的目的,还是需要打好R语言基础,但如果是着急毕业的“保命党”,可以根据自己的需求,结合网络资源快速搞定一篇有质量的文章。

02
推陈出新 — 套用套路如何创新

当我们手中有了代码之后,如何能不落窠臼,跳出重复课程套路的命运呢。笔者的经验是:

根据自己的研究方向,多查几篇高分生信文献,分析其创新点:这里的高分不一定指顶刊或者动辄十几二十分的文章,而是贴合你期望的影响因子的文章,以笔者为例,如果你计划发5分的文章,那么4-8分的都可以在查阅范围,这个范围的文章相对于低分文章会有自己的“主打创新点”,同时文中的代码和套路也比较“接地气”,易复现;

②预设投稿定位,以明确创新点和数据量需求:当你阅读了几篇不同影响因子的文章之后,需要总结自己想要发表的文章的IF对应的大部分文章的数据量和创新度,比如文章是需要做具体到机制的分析呢,还是简单的差异分析加富集就足够呢。明确好自己需要做到什么程度,才能有的放矢;

将多篇文章的创新点结合,实现“1+1>2”:当A“套路”的一部分叠加上B“套路”的另一部分,我们可能会得到一个新的C“创新点”。举个例子,A文章是利用转录组数据进行肿瘤免疫微环境浸润细胞的识别,B文章利用m6A基因库筛选和肿瘤预后相关的hub基因,那你就可以将两者结合起来,以相关性分析做串联,鉴定m6A转录后修饰与肿瘤免疫微环境的关系,从而揭示一个新的研究入手点。此外,磨刀不误砍柴工,好的习惯也可助力我们少走弯路。笔者自己的经验是在实验前就将实验思路画成简易流程图,从用TCGA、GEO数据库的哪个数据集开始,将每一步分析做出详细的计划,同时提出备用数据集和分析方法,既能理清流程,又可以解决因为某一数据集分析不出结果的窘境。

(图片源自:TCGA和GEO数据库官网)

03
先利其器—选好杂志事半功倍

投稿“七分看实力,三分靠运气”,选好杂志可能会出现奇迹。笔者在投稿之前就仔细研究了小张聊科研的生信友好杂志分析,把影响因子符合自己的杂志单独列出清单,结合其生信文章接受率,查阅多篇文献得出的审稿周期等信息,把杂志按契合程度排出自己的顺序,挨个准备对应的投稿文件。投稿前尤其要注意:

①你的心仪杂志是否有发表过同样思路的文章,很多杂志不会接收同一套路同一病种的文章,提前了解可以避免浪费宝贵的投稿时间;

②心仪杂志是否“画风突变”,不再接收纯生信文章;

③目标杂志被“水”的风险也要细细考量,避免九牛二虎之力发出的文章突然间被预警甚至除名。

最后的最后,祝大家干实验跑代码顺利,湿实验天天收data,顺利发文毕业!

杂谈

【新手攻略】读研期间,我可不可以不做横向?

2021-9-27 17:19:54

杂谈

单细胞RNA测序技术在肿瘤微环境研究中的四大招数

2021-9-30 19:31:43

声明 本网站部分文章源于互联网,出于传递更多信息和学习之目的转载,并不保证内容正确或赞同其观点。
如转载稿涉及失效、版权等问题,请立即联系管理员;我们会予以修改、删除相关文章,请留言反馈
Notice: When your legal rights are being violated, please send an email to: [email protected]
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索