m6A-Atlas:m6A修饰精准预测数据库

RNA的m6A修饰研究越来越热,积累的高通量测序数据也越来越多,应运而生的m6A修饰预测数据库给广大科研小伙伴带来了很多便利(小张之前也给大家推荐过许多RNA甲基化数据库,RNA甲基化研究常用的数据库,我收藏了,你呢?)。

目前,引用率比较高的两个m6A修饰预测数据库都发表于2018年,分别是西交利物浦大学生物科学系孟佳教授团队开发的MeT-DBV2.0数据库和中山大学生命科学学院屈良鹄教授团队开发的RMBasev2.0数据库。

2年时间弹指一挥,西交利物浦大学孟佳教授团队又发表了最新的m6A修饰精准预测数据库- m6A-Atlas,提供的高可信度m6A修饰位点超过44万个,且囊括了7种真核生物和10种病毒的数据。该数据库原文标题:m6A-Atlas: a comprehensive knowledgebase for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome,于2020年8月27号见刊生物信息领域的一流期刊Nucleic Acids Research,影响因子11.501。

数据库网址链接:http://www.xjtlu.edu.cn/biologicalsciences/atlas

数据库特色
 
1) 可信度更高/定量数据:收录了7单碱基分辨率技术鉴定的442,162个高置信度m6A修饰位点,基于1363个高通量测序样本鉴定出的定量表观遗传修饰图谱。
2) 提供修饰位点保守性分析:收录人、小鼠、黑猩猩等7种脊椎动物m6A修饰位点的保守性信息
3) 纳入病毒m6A修饰图谱数据:收录HIVKSHVDENV10种病毒的m6A修饰图谱情况。
4) 提供功能预测信息:基于观转录组数据预测各个m6A位点的生物学功能
5) 提供疾病相关性信息:基于可破坏m6A修饰motif的疾病相关基因突变推断m6A修饰位点的潜在致病机理。
6) 更多转录调控后续机制和其他RNA修饰图谱信息:m6A修饰位点进行转录后机制注释(RBP结合、microRNA相互作用和剪接位点)同时也有其他多种RNA修饰的图谱,帮助用户浏览和进一步的研究计划提供理论依据。
 
数据库主要功能
Home模块可直接搜索物种(人,小鼠,大鼠,斑马鱼,果蝇,酵母和拟南芥),基因,基因组区域或者疾病名称,查询相关m6A修饰位点。
Eukaryote模块:真核生物不同RNA修饰,不同技术平台获得的修饰位点总览。
Virus模块:不同样本的病毒m6A修饰位点总览。
Tool模块:
1)上传数据的m6A修饰位点保守性分析;
2)基于数据库现有数据进行差异修饰m6A区域分析(自己选择物种,对照组样本和处理组样本)
Download模块:部分原始数据可以用于下载。
检索实例
主页搜索示例:检索人的CDK5基因
该基因共有54个m6A修饰相关数据,具体列表如下(列表很长,整体展示了m6A修饰所在区域,原始文献ID,GEO数据库上传的数据编号,实验技术类型,研究的样本,是否有RNA蛋白结合,是否有疾病相关证据等):
54个数据的技术类型占比和样本信息统计图如下(超过30个研究用的都是单碱基分辨率的miCLIP技术,样本类型最多的是HER293T细胞系):
让我们点开第一个数据,看一下细节内容:
细节内容包括下面几个模块:
1) Basic info(修饰位点的基本信息,比如染色体位置,基因位置等)
2) Methylation level (甲基化修饰水平,这里是把54个项目的所有样本数据都整合在了一起,我们可以在下拉框中选择样本类型和处理条件)
 
3) Gene Expression Level (对于基因的表达水平,同样可以在下拉框中选择样本类型和处理条件)
 
4)Conservation (该修饰位点脊柱动物中的保守性情况)
5)Landscape(该位点与附近的转录后调控和其他RNA修饰概况)
 
6)Annotation(该位点的注释情况,如RNA结合蛋白的结合情况,染色质可接近性结果等)
 
 
好啦,最新的m6A-Atlas 数据库今天就给大家介绍这么多。想要不做实验就心里有数,赶紧用它!
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