CIViC:癌症用药数据库

精准医疗给医生提供了新的治疗思路,也让癌症患者看到了更多的希望。 针对基因突变寻找合适用药信息,用药数据库往往是不可或缺的。目前较常用的公共用药数据库有很多,如 OncoKB, JAX-CKB,CGI,My Cancer Genome,PCT, PMKB等,然而大多需要 license(注册认证)或者收费,且数据来源也不太透明,而主张免费共享的 CIViC (Clinical Interpretation of Variants in Cancer,http://civicdb.org/)简直就是其中的一股清流。下面就具体介绍该数据库的优势及应用(限于篇幅,如何搜索和进入下载页面,小伙伴们自行摸索哈,本篇只讲干货哦)。

一、寻找某个突变基因的靶药或临床意义

基因突变BRAF V600E为例,检索结果如下:(图一),红色,绿色,紫色和黄色框框分别代表了基因信息,变异位点列表和分组信息,变异位点信息以及临床意义证据。

图一 

我们重点看临床意义证据这块:

1EIDDISDRUGSDESC分别是证据ID,癌种,药物和证据描述。提示了针对这个基因变异,哪些癌种中有对应的靶药。

2如果要确认,对靶药是敏感的还是耐药的话,可以看后面的证据详情:EL”,“ET”,“ED”,“CS”,“VO”,“ER(分别表示“Evidence Level”,“Evidence Type,“Evidence Direction”,“Clinical Significance”,“Variant Origin”,“Evidence Rating)。

下面是关键字的解释(可参考图二和图三):

关键字

解释

证据等级EL

指示用药证据强弱,由AE依次较低

证据类型ET

指示该位点具有诊断,用药还是预后意义

证据方向ED)

指示证据是支持性的还是否定性的

临床意义CS

指示该变异的临床意义(比如对该药物是敏感的还是耐药的)

变异来源VO和证据星级 (ER)

分别指示变异是胚系或者体系,文献证据强弱

比如图一中证据 ID 1409的条目说明:在皮肤黑色素瘤里面如果发生了 BRAF V600E,该患者可能对维莫非尼Vemurafenib敏感,而且有很强的支持证据(等级A)。 

图二

 

图三

二、无需注册及登录,可直接鼠标点击下载

CIViC 虽然是免费数据库,但是同时具有超高更新频率,相比 JAX-CKB 的部分免费,OncoKB由免费下载变为需要 license My Cancer Genome 只能免费在线观看或者其它多年不更新的数据库而言,真实良心,点点鼠标即可下载。

 图四

 

网站提供了TSVVCF两种格式。VCF方便生信处理和注释,个人还是更喜欢TSV格式文件,因为里面信息更为丰富。各个文件均带有基因编号,变异位点编号和证据编号,准备妥当的关系数据库结构是做自动化伙伴的福音,实在是够贴心。

当依次点击下载图四中 01-Nov-2020 版本的 “Genes”,Variants,Evidence,Variant Groups, Assertions对应的TSV之后:

即可获得:

101-Nov-2020-GeneSummaries.tsv:肿瘤相关的基因列表和基因介绍。

201-Nov-2020-VariantSummaries.tsv:变异位点列表和变异位点介绍。

301-Nov-2020-ClinicalEvidenceSummaries. tsv里面包含了变异位点对应的靶药,以及证据等级。

4 01-Nov-2020-VariantGroupSummaries. tsv01-Nov-2020-AssertionSummaries. tsv分别是 CIViC 将变异归类和用其它相关指南标准进行分级的信息。

 三、 最后

CIViC数据库本着公开透明的原则,欢迎大家对各种条目和内容进行修改,经过review后,就可以为癌种用药数据做出自己的贡献了。思考不止于篇幅,有精力的同学可以看下官方说明文章“CIViC is a community knowledgebase for expert crowdsourcing the clinical interpretation of variants in cancer

欢迎交流,下一波干货再见~

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