做肿瘤相关研究的同学都知道，现在纯生信“干”数据分析的文章越来越难发表了。在这倡导“干湿结合”的年代，想发高分文章，或多或少要补做一些“湿”实验。设计实验的第一步，自然是要为我们的实验选择模式细胞，这项选择可能会极大地影响你后续实验的难度、实验周期，甚至影响文章最终的发表。作为大师姐，我自然是不忍心看到可爱的师弟师妹们“身在坑中人不知”，随手借个细胞就开始做实验，然后在后续的实验中处处遇BUG。除了大家都能想到的“能不能养得活、养得起”的问题，模式细胞的选择还有一些新手很难注意到的深“坑”。本文为大家总结其中一些最常见的（多数都是大师姐我亲自踩过的= =），并推荐了相应的避坑网站给大家。
我懂你们做实验心切，但也不至于目的基因刚定下来，就借（买）了五六个细胞系开始提取RNA做qRT-PCR吧！先去数据库里看一下目的基因的表达量、筛选几个表达量有代表性的细胞系，再去做这些实验，要科学性有科学性，要数据量也能多张图，难道不香么？其实，多数ATCC收录的肿瘤细胞系，基因表达谱都是有数据库收录的。推荐这个老牌的数据库给大家：
推荐网站：
CCLE (https://portals.broadinstitute.org/ccle)
首先我们以UBD这个基因为例，下载目的基因的表达数据：
图片来源：CCLE
文件很小，网速好的话瞬间就能下完。用记事本打开是乱码，可以Ctrl+A全选后，复制粘贴到Excel表格中查看：
图片来源：WPS Office
以上就是CCLE收录的所有肿瘤细胞系中，UBD的表达情况了。CCLE的seq数据是经过LOG转换的，不能直接反映绝对表达量和表达倍数关系，只能反映目的基因在这些细胞系中的相对表达情况。数字越大，相对表达越高。低于检测下限的表达量记为-13，可以认为该细胞系中，目的基因几乎不表达。大家可以用自己顺手的方式再进一步筛选出目标癌种的细胞系。以下以肝癌为例，介绍我自己常用的一种方法，可作参考：
图片来源：WPS Office
这样就得到目的基因在目标癌种中的表达情况了。相信大家一看就明白，比如你借（买）的几个细胞系不幸都是目的基因表达很低的细胞，做qRT-PCR都不一定能检测到目的基因表达。然后你用这些本底表达就极低的细胞再去做knock-down，做不出表型差异也很正常嘛。
此外，我又尝试用GraphPad对这组CCLE数据随手做了个图，这图就算最后放在补充数据里，也绝对不亏吧！
图片来源：GraphPad Prism 7
CCLE网站既能为模式细胞系选择提供足够科学的参考、为未来的实验避坑，又能丰满文献数据，一举多得。答应我，这个网站一定要用！
做细胞实验，或多或少会涉及体内外细胞表型的验证。然而，并不是所有细胞模型都适合你要研究的表型。以最常见的迁移表型实验为例，一般认为，迁移实验不能超过48h，所以在48h内，划痕实验需要观察到划痕愈合或明显的宽度变小；小室实验需要在小室底层观察到每视野几十到100个左右的细胞。对于那些平时抱团生长、不爱挪窝的“懒”细胞，自然是不适合用作迁移实验的模式细胞啦！
图片来源：PubMed
(Hepatology, IF=14.679, PMID: 32298475)
有同学就会问，我怎么知道我准备选择的模式细胞，是不是适合做迁移呢？总不能买来都试一遍，看看它“懒”不“懒”吧？当然不用这么劳民伤财，这时就可以用到导师每天都会念叨一百遍的祖传秘方了——查文献。
推荐网站：
PubMed (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/)
可能很多新手小可爱一听到看文献就头疼，但其实我这里说的查文献，并没有你想象的那么麻烦。大师姐告诉你一个秘方，对于多数规范的文献中，使用的细胞模型是一定会被标注在数据对应的每个Figure上的，所以在图中寻找相关的模式细胞，速度会非常快！
图片来源：PubMed
(J Hematol Oncol, IF=11.059, PMID: 33446239)
在我课题设计的初期，就曾经用这种方法统计过最近发表的几十篇文献用的肝癌模式细胞，网速好的话小半天就能搞定。拿着这样用心的统计表格，找老板要细胞都有底气了！顺便还能看一下别人用这种细胞做迁移实验的划痕拍摄时间点、小室染色时间什么的，说不定连自己的预实验都能省了！性价比真的是太高啦！
图片来源：WPS Office
这是大师姐踩过的最欲哭无泪的坑了：实验做完了，文章写好了，对着杂志社投稿要求修改格式的时候才发现，我的细胞模型杂志社根！本！不！认！可！！心心念念很久的老牌肝癌期刊Hepatology在Instructions to Authors中，明令封杀了肝癌研究中曾风靡一时的7402、7721、SKHEP1等细胞系。同理，在其它肿瘤相关领域，也有大量“过时”的细胞存在。
图片来源：Hepatology官网
当然，对于多数细胞系，“封杀”也只针对个别杂志，转投其它杂志就好了。但与其投稿修稿时再被细胞系问题掣肘、被苛刻的审稿人diss，不如在选择细胞模型时，就对未来可能要投的杂志有个概念，特别要关注本领域最有名望的老牌期刊，尽量避免选择有争议的细胞系做自己的模式细胞。如果你课题组的师兄师姐课题方向和你相同，可以直接向他们了解这个领域的Top期刊都有哪些。如果对你可课题组来说是个新的研究方向，也不用过分担心，万能的大师姐可以教给你呀！
推荐网站：目标期刊、本领域著名老牌期刊官网的投稿说明。
同样还是以肝癌领域为例，为大家介绍一下细胞系的选择在该研究领域中的被限制情况。建议大家对研究领域的期刊进行搜索时，放大关键词范围。比如我如果搜索“肝癌”，就搜不到任何期刊。当把关键词放大到“肝”，搜索结果就出来了：
图片来源：百度/LetPub
图片来源：JOURNAL OF HEPATOLOGY官网
模式细胞的选择，绝对当得起“磨刀不误砍柴工”这句名言。真心希望大家能在选择模式细胞时，花些时间看看这些网站。最后祝大家未来的实验更加顺风顺水、文章早日发表！
