免疫表位分析的终极武器:免疫表位数据库IEDB

导读:

免疫表位数据库IEDB全称是Immune Epitope Database and Analysis Resource,是由美国国立过敏与感染性疾病研究院(NIAID)资助的免费资源。该数据库已收录感染、过敏、自身免疫病等疾病中表位数据,在线功能丰富多样,包括能够预测预测与MHCI和MHCII结合的能力,T/B细胞的免疫原性,T/B表位预测,致敏肽段分析,TCR/BCR的3D结构等的工具,方便大家使用。在Pubmed搜索发现目前使用该网站已经发表了一系列高分文章,涉及到各个疾病中的分析,这个网站堪称实用好用,难道你还不心动么,快看完本文试试吧!

免疫表位数据库IEDB网址:https://www.iedb.org/

今天先介绍部分实用功能,对于新手而言,如果想知道某类疾病中涉及蛋白各个肽段的情况可以按照下面的方法找寻:

(一)检索已存在表位

1.首先确定疾病和蛋白,按照下面方法输入,注意在选择时候是可以选择多种疾病和多种抗原的;比如在这个例子中我们选择类风湿关节炎(rheumatoid arthritis)中的Fibrinogen进行分析,只需要在下拉栏中进行选择即可;获得的肽的结果还能搜索到已使用的文献,网站贴心的链接了,想要进一步了解的可以直接点进去看,这可比自己在Pubmed中大海捞针强多了,不得不说,这也是这个网站的一个优势。

2.结果解读:

这是IEDB数据库最基本的肽段信息的搜索,结果返回包括抗原、受体、样本和文献信息等等。对已知表位的检索结果筛选,选择需要的表位右侧的漏斗形标记了解更多该表位的信息。

3.当不只是对某种疾病中某种蛋白感兴趣时,可以选择只选择某一种疾病进行搜索,下载该中疾病中所有的表位信息,在电脑中根据需求分析,最后根据肽段编号返回IEDB数据库中搜索单一肽段信息。

(二)表位分析工具

现在很多实验室都想利用肽段做药物或者做疫苗,那么可以使用到IEDB进阶版的功能,高阶功能主要由以下的几类:

今天先来介绍一下其中CD4表位抗原性的分析,在这种分析使用两类算法进行分析任一蛋白全长的氨基酸序列,最后根据设定的阈值,只在结果中显示某几段抗原性强的肽段,这样的方法保证所有的氨基酸序列都能包含。

1.在NCBI中找到某一基因的蛋白全长,一般这种情况下选择isoform中最长的,点进去后获得其Fasta格式的文件,不改变阈值进行搜索。

2.获得的结果导出为Excel如下,其中Combined score 是联合两种算法一起评分,得分越低说明该肽段的抗原性越强。

(三)总结

近年来肿瘤新抗原的寻找是研究的热点,利用肿瘤病人中的新抗原进行精准治疗,联合纳米技术和各类靶向抗体,减少病人的副作用,关于相关文章的套路我们可以改天再进行讨论。除肿瘤外,在病毒感染、自身免疫病以及肠道菌群研究中都能利用这个网站获得信息,毕竟这个网站还包含有数据库,大家能够下载以后进行个体化分析。希望大家看完以后能够有所收获,能够动起手来亲自试试。

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