药物基因组学分析必备数据库GDSC

肿瘤药物敏感性基因组学数据库（Genomics of Drug Sensitibity in Cancer，GDSC）由英国桑格研究院开发，收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应数据。癌基因组的变异会影响临床治疗的效果，不同的靶点对药物的反应也有很大不同。因此这类数据对于发现潜在的肿瘤治疗靶点十分重要。

数据库介绍

2019年7月更新后的GDSC数据库有了新的变化，增加了187种药物和超过160,000种新的独特的药物细胞系对，与以前的版本相比增加了~70%。GDSC数据库现包含了两套主要的数据集：GDSC1和GDSC2。GDSC1（收录2010 -2015）是对来自桑格研究所(Wellcome Sanger Institute)和麻省总医院(Massachusetts General Hospital)的药物筛选数据进行了更新。剂量反应拟合中现在已包括可用的重复数据，以改进IC50估计数。43,496个新的IC50结果(药物-细胞系对)已经添加到以前的数据集。GDSC2（收录2015 至今）是新的，它有118,595个IC50结果，这些结果来自桑格研究所使用改进的实验程序进行的最新筛选。

到小编看的最新版本Release 8.3 (June 2020)，数据量如下：

Release 8.3增强了两个新的数据可视化，Combined Analyses Volcano Plot覆盖了所有组织特异性和泛癌症相关性，以便在所有背景特异方差分析中可视化显著的生物标志物相关性。Compare compound 绘制不同药物之间剂量反应结果(IC50或AUC)之间的相关性。

IC50：the half maximal inhibitory concentration对细胞系抑制一半时所需的药物或者抑制剂的浓度

AUC：the area under the dose–response curve药物-应答曲线下面积

数据库使用

一、首页

 

1.检索药物

点进第一套数据集

（1）几个相关的图形展示

①Overview：IC50、AUC值分布。

②IC50 by tissue：对细胞系根据组织分类的IC50分布。

③Volcano：genomic marker和药物敏感性的方差分析相关性。

④Scatter Plot：基因突变/野生分组的IC50分布。

⑤Compare compound：不同药物之间剂量反应结果(IC50或AUC)之间的相关性

（2）Overview选项下还有该套数据集的相关数据，可直接下载。

（3）也可在Compound选项检索

 

2. 检索基因

（1）输出靶向BRAF基因的药物剂量反应结果

（2）输出靶向BRAF基因的基因组特征

（3）也可在Features选项检索

 

3. 检索细胞系

（1）

（2）也可在Cell Lines 选项检索

 

二、数据下载

下载后数据：

小编总结

GDSC数据库是生信药物基因组学相关分析等非常常用的数据库，它的细胞系与COSMIC数据库是一致的，所以细胞系相关基因组数据也是通用的，并且药物反应数据的数量庞大，这对于我们生信的大数据研究是非常有利的，大家可以用来分析学习哦~

 

引用：

Yang W, Soares J, Greninger P, et al. Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC): a resource for therapeutic biomarker discovery in cancer cells. Nucleic Acids Res. 2013;41(Database issue):D955-D961. doi:10.1093/nar/gks1111