在最近更新的数据中,添加了与嵌合断点匹配的可用药的融合靶点的信息,这些信息适用于癌症的精准治疗。利用文本挖掘技术,ChiTaRS中展示阿尔茨海默病、精神分裂症、失读症等其他疾病的新嵌合体。新的版本收录多个物种的嵌合体,它扩展了我们对真核生物嵌合转录本进化的理解,并有助于分析三维基因组构象变化和嵌合体在癌症和其他复杂疾病的发病机制中的功能作用。
ChiTaRS-5.0包括(66,243 + 41,584 + 3,052 + 19 + 67 + 20 + 292 + 305)= 111,582个嵌合转录本数据,涉及物种有人、小鼠、果蝇、大鼠、斑马鱼、牛、猪和酵母。在当前版本中扩展了实验数据证据,包括了通过RT-PCR,qPCR,RNA测序和质谱肽实验确定的同一基因的新型同义反义的嵌合转录本。此外收集了23,167个人类癌症断裂点,其中嵌合RNA的表达水平已通过人,小鼠和果蝇不同组织中的配对末端RNA测序实验证实。
GenBank的EST和mRNA已用于鉴定两个或多个不同基因的嵌合RNA。通过RNA测序分析成千上万的嵌合EST,发现嵌合EST的表达水平通常较低,并且在正常细胞中具有很高的组织特异性。
下图向大家介绍搜索页面的主要参数
举例第一个条目:
(1)基因可视化:
(2)注释信息:
(3)蛋白质互作网络:
这部分可检索药物靶向融合基因相关信息
药靶信息:
细胞系中融合基因数据
细胞系相关信息,涉及到细胞系所属物种,疾病,可用于的组学研究。
这个页面可以检索不同物种中相似的嵌合物
使用DNA序列查询嵌合物连接点
根据基因序列查询
数据下载页面:
基因组中嵌合体和它们在肿瘤发生中发挥作用有直接联系,该数据库提供了嵌合物详细的基因组信息,还可以直接检索相关的蛋白质互作网络,所以对于我们的研究,可以从基因分析到蛋白质互作的机制分析,并且还涉及嵌合物用药数据,可预测用药。