对于做遗传图的小伙伴们经常使用的就是QTL定位软件了，能进行QTL定位的软件也比较多，有MAPQTL，WinQTLcart、MAPMAKERQTL以及ICiMapping和rqtl R包。这些软件各有优缺点。今天小编就给大家带来QTL IciMapping，此款软件是中国农科院王建康老师数量遗传课题组发布的既可以排图又可以定位的软件，能够在windows下运行，并且作图颜值在线的实用性很不错的软件。
话不多说，先下载软件。软件需要先在网站注册后才能进行下载。下载链接：http://www.isbreeding.net/software/?type=detail&id=18
小编下载的是4.0版本，安装很简单在此不赘述了。下边开始分析：
ICiMapping4.0版本
点击file->NewProject
出现下边输入框：分别输入project 名称和路径后点击OK。
点击OK后，会出现下边界面，选择*.met后，在选择输入.met文件。
选择好.met文件后，点击打开，文件就导入了ICIMapping中，会出现在控制面板中，如下：
面板分为两个部分，上半部分是导入的数据，下边为进行QTL定位参数设置的控制界面：
控制界面包含Step（cM）:扫描步长；PIN：标记进入模型的概率水平；
LOD Threshold：LOD阈值；Mapping Method：ICIM-ADD和ICIM-EPI两种(选择ICIM-EPI）。
参数设置好后，点击左上角start，如下：
如果任务数很多，可以将project添加进任务中，直接点击Task，添加到队列中，然后再点击start，开始运行。
当运行完毕后，可以查看结果，结果文件包含8中类型：
COE文件：遗传图marker间相关性下三角矩阵文件
ICAA文件：复合区间作图二维扫描的加性效应下三角矩阵文件
ICLD文件：复合区间作图二维扫描的lod值下三角矩阵文件
MTP文件：marker 分型频率、偏分离卡方检验、缺失marker分型估计
RICE文件：复合区间作图二维扫描结果文件
QICE文件：复合区间作图识别两个基因上位性QTL文件
STA文件：基本的表型数据统计文件
STP文件：复合区间作图逐步回归文件
COE文件：
MarkerID：整数表示的MarkerID；
MarkerName：Marker name；
First row：Marker ID、MarkerName和MarkerID；
Other：marker 间相关系数；
MTPfile：
MarkerID：整数表示的MarkerID；
MarkerName：Marker name；
Chromosome：chromosome ID （从1开始计数）；
Position：Marker 在连锁群中的位置；
Size（2）：基因型与P1一样的个数；
Size（1）：基因型与F1一致的个数；
Size（0）：基因型与P2一致的个数；
Size（-1）：基因型缺失的个数；
Chi-Square：Marker 偏分离卡方检验统计量；
Pr>ChiSq：卡方检验的可能性；
RICE文件：
TraitID：整数表示的性状ID；
TraitName：性状名称；
Chromosome1：第一次扫描位置的Chromosome ID；
Position1：第一个QTL的扫描位置；
Chromosome2：第二次扫描的Chromosome ID；
Position2：第二个QTL扫描位置；
LOD（AA）：主要由上位性得到的LOD值；
LOD（AAbyE）：主要由上位性和环境互作得到的LOD值；
V(AA)：主要由上位性造成的遗传变异；
V（AAbyE）：由上位性和环境互作造成的遗传变异；
PVE：表型贡献率；
PVE（AA）：由上位性得到的表性贡献率；
PVE（AAbyE）：由环境和上位性得到的表型贡献率；
Add1：position1位置的加性效应；
Add2：position2位置的加性效应；
AddbyAdd：position1和position2共同作用的加性效应；
A1byE_01、A1byE_02、A1byE_03… ：在不同环境下的position1的加性效应；
A2byE_01、A2byE_02、A2byE_03…：在不同环境下的position2的加性效应；
QICE文件：显著性的QTL文件
各列表示意义同RICE文件；
STA文件：
EnvironID：一个整数表示的环境ID；
EnvironName：环境名称；
SampleSize：样本大小；
Mean：表型数据均值；
Variance：表型方差；
StdError：表型方差标准误；
Skewness：表行数据偏斜度；
Kurtosis：表型数据峰度；
Minimum：表型数据最小值；
Maximum：表型数据最大值；
Range：表型数据范围；
W-test：Shapiro Wilk W-statistic 检验；
P-test：Shapiro Wilk W-statistic 的P-value；
STP文件：
EnvironID：整数表示的环境ID；
EnvironName：环境名称；
Method：加性和上位性作图的逐步回归区分；
VariableID：Marker pairs
Intercept：逐步回归停止；
Rsq：通过最终的模型解释表型变异；
其中RICE和QICE文件是最后的结果文件，需要重点查看的。
至于图形结果，可以直接点击EPI和EPI（Q）（这两个图标是明亮时分别点击直接出图），点击位置如下图中红框圈出的位置：
点击EPI后出现：
图形结果界面点击set可以对结果图进行调整（对图中移动滑块进行调整即可）。
点击EPI（Q）后，出现：
在EPI（Q）中调节LOD value 可以调节互作关系多或者少。
点击Save，就是保存图形结果。
当选择ICIM-ADD方法时，运行过程与ICIM-EPI相同，结果文件有.ric和.qic两个文件。
RIC文件：ICIM法一维扫描marker的结果文件；
QIC文件：ICIM法识别出的超出lod阈值的结果文件。
Chromosome：连锁群ID；
Position：扫描的位置；
LOD(A)：加性效应和显性效应决定的lod值；
LOD(AbyE):加性效应和显性效应与环境互作决定的lod值；
V(A)：由加性和显性效应解释的表型方差；
V(AbyE)：由加性和显性效应与环境互作共同解释的表型方差；
PVE：表型贡献率；
PVE（AA）：由上位性决定的表性贡献率；
PVE（AAbyE）：由环境和上位性决定的表型贡献率；
Add：扫描位置的加性效应；
AbyE_01、AbyE_02、AbyE_03… ：在不同环境下的position（扫描位点）的加性效应；
结果出来后点击控制界面ADD，即可出现上图界面。
上图界面中LOD：显示LOD值曲线；
LOD(A)：显示LOD(A)值曲线；
LOD(AbyE)：显示LOD(AbyE)值曲线；
C-=：显示全部连锁群；
下划线LOD：显示LOD阈值；
L’：显示图说明；
同样的，点击Save可以保存图片。
