在蛋白质研究中，经常会用到一些数据库，今天对这些数据库做一个汇总，具体如下：
蛋白质结构域预测工具
Esignal：http://motif.stanford.edu/esignal/
信号传导系统蛋白的结构域预测工具，凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳
SignalP：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
信号肽预测工具，适合定位于非胞质位置的蛋白质
Emotif：http://motif.stanford.edu/emotif-search/
结构域预测工具，由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型，故预测效果比Prosite好
Ematrix：http://fold.stanford.edu/ematrix/
是用Matrix的方法创建的结构域数据库，可与emotif互相印证。其速度快，可快速搜索整个基因组
InterPro：http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/
EBI提供的服务，用图形的形式表示出搜索的结构域结果
TRRD：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/
转录因子结构域预测的最好数据库
Protscale：http://cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl
可分析该序列的各种性状如活动度、亲水性（Kyte&Doolittle）、抗原性（Hopp&Woods）等
通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能
A. MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断，其概念比Domain小
PROSITE：http://cn.expasy.org/tools/scanprosite/
是专门搜索蛋白质Motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息
B. Domain：若干motif可形成一个Domain，每个Domain形成一个球形结构，Domain与Domain之间通常像串珠一样相连
Pfam：http://www.sanger.ac.uk
可以搜索某段序列中的Domain，并以图形化表示出来。这个数据库非常重要。用法：在搜索栏中输入蛋白的swissprot的序列号
CDD：http://www.ebi.ac.uk/interpro/
NCBI搜索时在每个蛋白质Link旁都有Blink，Domains两个链接。Domains可以直接看到这个蛋白的确定的结构域。如果要在CDD数据库寻找Domain信息，则可进入Blink链接，再进行CDD搜索，就可以了。看Domain的详细信息可以到：http://www.ebi.ac.uk/interpro/上进行搜索查看
蛋白跨膜序列分析
kyte-Doolittle疏水性分析：每个等于或高于1.8的峰都可能是跨膜结构域
蛋白质结构预测工具
PREDATOR：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html
蛋白质二级结构预测工具
蛋白质糖基化位点的预测
http://bioresearch.ac.uk/browse/mesh/C0017982L1222670.html
这是个综合连接，包括：DictyOGlyc prediction server，NetOGlyc prediction server，YinOYang server，META II PredictProtein server，O-GLYCBASE，GlycoMod tool
蛋白质结构数据库
MMDB：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml
NCBI的蛋白质结构数据库，要使用Cn3D v4.1软件观看
PDB：http://www.rcsb.org/pdb/
Protein Data Bank, 要使用Swiss PDB viewer软件观看
蛋白质综合数据库
PIR：http://pir.georgetown.edu
Uniprot http://www.pir.uniprot.org
