Meta分析教程与代码 meta分析操作教程(一)

Meta分析一般分为两种情况,包括Randomized Controlled Studiesmeta分析和单个率meta分析。举个简单的例子,假设我们想比较AB两种药物对某种疾病治愈率的影响,当我们查阅文献的时候会发现存在以下两种情况:(1)有些文献直接比较AB,这时我们就可以在同一篇文献中同时提取出AB的数据,这种情况称之为Randomized Controlled Studiesmeta分析;(2)有些文献是比较AC的,有些是比较BD的,这时我们只能在一篇文献中提取出只包含A或者只包含B的数据,这种情况称之为单个率meta分析。

本期番茄君先给大家讲解Randomized Controlled Studiesmeta分析方法。我们的目的是比较AB两种同期发情方案对奶牛输精受胎率的影响。共查阅到6篇文献直接比较AB,我们用meta分析的方法做进一步的研究。

1.在excel中输入原始核心数据。按照如下格式在excel中输入所纳入文献的原始数据,然后保存成CSV格式。番茄君将其命名为meta analysis,并保存在桌面。其中,author, year, event.a, n.a, event.b, n.b六个变量分别代表纳入文献的第一作者,发表年份,A方案的妊娠牛数,A方案的输精牛数,B方案的妊娠牛数和B方案的输精牛数。

  2.在R中安装并调用“meta”包。代码如下:

 

  3.读取并查看数据。代码如下:
  4.效应量的合并。调用metabin()命令,其中,sm选项可以选择联合估计的效应值,例如ORRRRD等。代码如下:

运行命令后的结果如下:

结果提示,纳入meta分析的各研究之间不存在有统计学意义的异质性(I2=0.0%, P=0.45).所以采用固定效应模型,结果显示总体的效应值RR=0.87788, 95%CI: 0.8508-0.9057, z=-8.17, P<0.0001,因此,统计学上可以作出A和B两种同期发情方案在奶牛输精妊娠率方面具有显著性差异。
5.森林图的绘制。森林图的绘制用forest()命令,代码如下:

结果如下:

6.敏感性分析。敏感性分析的命令为metainf(),代码如下:

结果如下:

7.发表偏倚的检测。发表偏倚的命令是metabias()R语言默认的纳入meta分析的文献至少包含10篇,这里我们只有6篇文献,故定义k.min=6。代码如下:

结果如下:

结果显示,P=0.9895,不存在发表偏倚。

也可以通过漏斗图定性判断是否存在发表偏倚,命令为funnel(),代码如下:

结果如下:

漏斗图对称,也表明不存在发表偏倚。

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2 条回复 A文章作者 M管理员
  1. stemcells全能贝

    谢谢,好内容,学习了

  2. 我看了老师分享的有关meta分析的文章,特别实用,我最近想做网状meta分析,希望老师能多更新一下网状meta分析的操作教程,万分谢谢!!

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