如何做GO与KEGG分析-DAVID使用教程

这期番茄君为大家带来如何利用DAVID在线数据库做GO与KEGG分析。

1.DAVID在线数据库网址链接（https://david.ncifcrf.gov/）。打开后如下（部分）：

2.点击上图中红色框里的Start Analysis。如下：

3.上传基因。Step1: Enter Gene List有两个选项可以上传基因：第一种方法是在A: Paste a list的白色框里输入基因名字；第二种方法是利用B：Choose From a File上传文件。我们输入了57个和奶牛产奶性状相关的基因（注意，所有基因排成一列后再输入，如果是上传word文档，也是将所有基因排成一列）。

4.点击Step2: Select Identifier下拉选项框，由于我们直接输入的就是基因的名字，所以这里选择OFFICIAL_GENE_SYMBOL。

 

5.点击Step3:List Type的选项Gene List。

6.点击Step4:Submit List的Submit List。出现如下提醒，原因是我们没有选择物种，先点击确定，自动转到了List栏。

 

7.选择物种。因为我们输入的这些基因与奶牛产奶性状相关，所以选择奶牛Bos taurus，点击selected species。

8.点击Backgroud，同样选择Bos taurus，点击use。

这样分析过程就完成了，接下来我们来看一下结果解析。

1.点击Functional Annotation Tool，跳转到Annotation Summary Results界面。

2.点击上图中Gene_Ontology前面的+号，即出现GO分析的三种类型BP， CC和 MF。

3.点击GOTERM_BP_FAT后面的Chart，即出现了这些基因聚集到的BP类型。

还可以选择不同的参数，点击Options前面的+号，有些文章以FDR为参考，选中FDR，点击Rerun Using Options即可。

同理，GO分析的CC和MF类型以及KEGG_PATHWAY分析的结果解析和上面是一样的。

 

DAVID数据库功能强大，远不止可以做GO和KEGG分析，还可以做基因ID之间的转换、ID转换为基因名称等等。当然做GO与KEGG分析的数据库还有很多很多，例如KOBAS以及其他在线数据库等等，各有优缺点，按需所取。