使用SnapGene viewer绘制比较基因簇结构图 工具介绍 20年8月15日 转载大师 取消关注 关注 私信 SnapGene viewer是一款专业的质粒图谱绘制软件，也可以绘制比较基因簇结构图，小编以基因组里的原噬菌体为例，想要学习的小伙伴们，可以跟着小编学习哦！ 1寻找原噬菌体 1.1 PHAST 打开PHAST (http://phast.wishartlab.com/)网址，输入基因组Genbank accession number/fasta件，点击submit. 1.2 选择prophage 选取PHAGE_Shigel_SfII 2 NCBI BLAST比对 2.1目标序列的比对 通过PHAST比对的结果，如下图标记的前者是基因组里的基因名，后者是噬菌体的GI号，下载蛋白序列进行NCBI blastp比对。 网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 2.2 blastp比对 一般我们认为identity >30%；e-value <1e-10；score>200；overlap >60%，二者具有同源性。 3 SnapGene viewer作图 3.1导人序列 导入序列从NCBI上下载基因组上比对上的基因区段与phage_shigel_sfii基因（gb文件），导入序列后，SnapGene Viewer会自动识别质粒序列上的酶切位点等信息，依次点击下方的图标，将文字信息去除。 3.2 基因结构绘制 双击在DNA line下方的基因，适当调小基因的长度，让基因落在DNA line上（这里是使图片美观的，也可以不设置），根据比对结果，与基因组同源的基因设置成一样的颜色，点击file，将图片导出 Map。（svg矢量图格式，用于后续AI绘图） 3.3使用AI软件进行拼图 打开Adobe Illustrator CS6，选中矢量图，放置到一个模板里，小编这里就只加了标尺与名称，根据需要你们可以自行添加标注与注释等信息。
