NCBI数据库指南(一)

NCBI简介

NCBI全称National Center for Biotechnology Information,(国家生物技术信息中心)是隶属美国国家卫生研究所的国家医学图书馆(NLM)的分部。

NCBI拥有包括PubMed、PubMed Central和GenBank-在内的大约40个在线文献和分子生物学数据库。

数据库和资源分为七个概念领域:文献,基因组,变异,健康,基因和基因表达,核苷酸,蛋白质,小分子和生物学分析。另外三个类别包括工具,基础结构和元数据。

对于一个在线数据库而言,查看官方的操作指南可能是最权威而且快速入门的方法。

那么如何开始NCBI数据库呢,我建议从它的官方指导开始,打好基础然后融汇贯通。下面这个视频给大家展示了NCBI提供的的一些帮助文件?

NCBI也提供了一些视频

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/tutorials/

 

YOUTBE上不去但是可以去B站上查找。我瞄了一眼前面的3个视频在B站都可以找到,但是感觉翻译的不是太好。大家如果紧急而且需要的自行可以去B站上查找相关视频。

文献检索

图来自NCBI手册

还是从文献检索开始,说实话这是我用的最熟的一个部分,应该说是科研工作者都绕不开的内容。

NCBI的文献资源包括:

NLM Catalog、PubMed、PubMed Central (PMC)、Bookshelf以及补充资源MeSH、PubMed DTD、JATS、NIHMS

从上面的图我们可以看出来,中心点还是pubmed。

 

下面图解文献检索

(2020年5月的新版网站)


 

1、选择"pubmed"









2、在搜索框输入关键词

以“P53”为例



 通过增加关键词缩小范围

两种方式:

A)用布尔逻辑检索符~与“AND” 、“OR”、“NOT” (要大写~)我最常用的是“AND”

B)“Advanced”高级检索,通过不同的字段来增加检索条件;





 

3、跟踪进展

A)creat alert

需要注册NCBI账户

然后点击Creat alert





然后你的邮箱就会定期收到p53研究的新文章

B) creat RSS

需要RSS订阅软件;通过pubmed获得RSS链接,然后就可以用RSS订阅软件添加订阅了。







4、设置显示的模式

A)显示是否按时间、相似度等排序,是否显示摘要;


 




B)根据文章类型、是否提供免费全文、出版日期等等显示搜索结果






5、保存检索结果

最常用的方式应该是保存到文献管理软件,操作如下:


工具介绍

LnCeVar:基因组变异对于ceRNA 调控影响的数据库

2020-8-14 23:27:00

工具介绍

PubTator:Pubmed检索结果信息高亮

2020-8-15 8:58:15

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