NCBI数据库指南（二）BLAST介绍part1

好久木有更新啦~吧啦吧啦最近有点忙~还偶尔涨几个粉挺开心~哈哈~为了系统性一点，自己学一点点后攒起来再分享~今天有放大招啊~发布的内容比较多~以后更新的速度依然不会太快~哈哈

前面分享了NCBI的文献检索和跟踪

今天分享NCBI BLAST的学习心得~主要是NCBI网站的BLAST的使用，暂时不介绍本地BLAST+工具和API等等。

然后今天还大放送Pubmed插件的使用指南，八卦NCBI发展的简史（见列表文章）。

1、BLAST 简介

引自NCBI手册

BLAST的全称“Basic Local Alignment Search Tool” ，顾名思义，在序列相似性搜索过程中BLAST执行“局部”对齐。

BLAST的搜索格式主要有以下几种：

NCBI手册中有一小章节介绍了BLAST工具，很遗憾这里并没有细致的操作说明（但是人家有跟你说去哪里看细致的说明）~我看完的感受是为BLAST建了一个框~

（如果需要关于BLAST的上述目录中的内容的PDF中文版文件~文章最后面我会给获取方式~~）

2、BLAST序列比对

1）BLAST 的网站可以通过https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi直接进入；

2）从NCBI主页进入

1.1 NCBI名称，可以链接到NCBI的主页；

1.2 BLAST 主页链接；

1.3“最新结果”链接；BLAST的搜索结果可以保存36h.

1.4“保存的策略”标签；列出了之前保存的一组搜索设置参数。它允许检查使用的搜索设置参数，快速重新启动这些搜索，以及下载用于在独立BLAST中共享或重复使用的特定策略。

1.5“帮助”选项；链接至BLAST ftp站点(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/或https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/)上的帮助文档、教程、参考文献和有用下载目录的链接列表。

1.6 “我的NCBI”，一个来自NCBI的免费帐户，允许用户定制他们的网站偏好和管理他们在网站上执行的作品。可以注册NCBI账户，获得比较个性化的服务，参考NCBI数据库指南（一）。登录时执行的BLAST搜索允许通过“最近的结果”页面访问36小时的搜索结果。保存的策略将被永久保存。

2.1 有五个BLAST搜索页面，每个页面执行特定类型的序列比对。具体如下：

类型	输入VS数据库	比对	程序和功能
nucleotide blast	nucleotide vs nucleotide	Nucleotide	megablast：用于序列鉴定，种内比较不连续megablast：用于种间比较，使用编码序列搜索 blastn：用于查询较短的查询，进行种间比较
protein blast	Protein vs protein	protein	blastp:一般序列识别和相似性搜索；Quick BLASTP:用Kmer匹配加速搜索速度非常相似的蛋白质；DELTA-BLAST:蛋白质相似搜索灵敏度高于blastp；PSI-BLAST相似性搜索:迭代搜索position-specific得分矩阵(PSSM)来确定蛋白质远亲家庭；PHI-BLAST:蛋白质与输入模式作为锚/约束
blastx	nucleotide (tr) vs protein	protein	blastx:用于识别核苷酸查询编码的潜在蛋白产品
tblastn	protein vs nucleotide (tr)	protein	tblastn:用于识别编码类似于查询的蛋白质的数据库序列
tblastx	nucleotide (tr) vs nucleotide (tr)	protein	tblastx:基于编码潜力来识别与查询相似的核苷酸序列

2.2 BLAST序列数据库的内容如下：

2.3 核苷酸BLAST比对参数设置

参数的选择：

可以设置以不同的速度和灵敏度进行核苷酸vs核苷酸搜索。

可以直接点击“ BLAST”按钮（F）将搜索提交给BLAST服务器进行处理。完成后将自动显示结果。

也可以点开Algorithm parameters 进行更多的参数设置；

上述就是核苷酸BLAST的参数设置的介绍；