大家在从事RNA相关研究工作中,经常会遇到这样的问题:样本可以反复冻融吗?反复冻融是否会造成RNA降解?反复冻融是否会影响后续实验?
北京大学Ying Hu等在杂志BIOPRESERVATION AND BIOBANKING发表题为Influence of Freeze-Thaw Cycles on RNA Integrity of Gastrointestinal Cancer and Matched Adjacent Tissues的文章,研究反复冻融对胃肠道癌及癌旁组织RNA完整性的影响,一定程度上回答了反复冻融对RNA样本影响的问题。
背景:癌组织与癌旁组织RNA表达谱的比较分析是肿瘤研究的重要组成部分。高质量的RNA是获得一致、可靠结果的关键,特别是对于癌症生物标志物的鉴定。然而,反复冻融对胃肠道癌及癌旁组织RNA质量的影响仍然不清楚。
目标:探讨反复冻融对组织RNA完整性的影响。
方法:将胃肠道癌及癌旁组织在提取RNA前进行二次冻融。用TRIzol试剂提取每个样本中的总RNA,并用安捷伦生物分析仪评估RNA完整性(检测RIN值)。
每个组织都被切成类似的大小,FT0保存在RNAlater RNA保存液中;FT1在-80℃冷冻30分钟,在室温下解冻10分钟,即反复冻融一次,然后保存在RNAlater 中;FT2反复冻融两次,然后保存在RNAlater 中。共10种不同的组织样本,分别采取上述操作。
结果:所有样本的RIN值随反复冻融次数的增多呈下降趋势,从下图中可明显看出,RIN值从未反复冻融的平均8左右下降到反复冻融后的5左右。
作者针对不同组织样本分别做图,发现反复冻融均对样本有不同程度的影响。
结论:冻融对胃肠道癌及邻近非癌组织的RNA完整性有影响。
以上为本文的主要内容,文章证实了反复冻融对RNA完整性存在较大的影响。
建议将样本在进行保存之前进行分装,后续根据实验需要取样品,以避免反复冻融。