本期我们通过另一篇文献,讨论反复冻融对组织样本的RNA、DNA和蛋白质质量的影响。
中山大学附属第六医院Xin-Juan Fan等于在Journal of Cancer杂志发表题为Impact of Cold Ischemic Time and Freeze-Thaw Cycles on RNA, DNA and Protein Quality in Colorectal Cancer Tissues Biobanking的文章,讨论冷缺血时间和反复冻融对大肠癌组织RNA、DNA和蛋白质质量的影响。我们针对反复所带来的影响进行概述。
通过研究反复冻融对大肠癌组织RNA、DNA和蛋白质完整性的影响,探讨了大肠癌组织的生物银行化的可行性和需要注意的问题。对45对组织进行了0-9次冻融循环,并对其RNA、DNA和蛋白质质量进行了分析。组织RNA和DNA在9次反复冻融后仍然保持稳定,而蛋白水平在7次冻融循环后显著改变。7次以上的反复冻融循环不推荐用于结直肠组织的长期保存。
实验方法
大肠癌和正常邻近组织的RNA、DNA和蛋白质完整性的反复冻融实验,反复冻融0次、1次、3次、5次、7次和9次。
为了研究反复冻融时间对组织RNA、DNA和蛋白质完整性的影响,对45对大肠癌和正常组织进行了检测。每个样品分成5块,分析RNA、DNA和蛋白质的完整性。所有样品均转入-80℃超低温冷冻柜。冷冻至少4h,所有标本从-80℃超低温冰箱中取出,置于冰上,直至组织完全解冻。这一过程被认为是一个冻融循环。
通过RIN值反映RNA质量的完整性,RIN≥7.0被认为是组织中高质量、完整的RNA样品。用琼脂糖凝胶电泳检测DNA完整性。反相蛋白质阵列分析检测蛋白质的质量。
实验结果
在0-9h的反复冻融实验中,所有样品均具较高的RNA完整性,RIN≥7.0。反复冻融1次、3次、5次、7次、9次,平均RIN值分别为8.7、8.2、8.3、8.2、7.9。同样也没有发现DNA完整性的显著变化。对于配对的正常邻近组织,也观察到类似的结果。因此,反复冻融对RNA和DNA完整性没有显著影响。而肿瘤组织和正常邻近组织的蛋白表达在7次反复冻融后都有显著变化。
本文对开展RNA、DNA和蛋白质相关研究的样本保存有一定参考意义。关于反复冻融对RNA的影响,与之前分享的文章结论有所不同,可能与组织类型、反复冻融的操作方式和时间的不同导致。