教你玩转qPCR:我想下的这盘大棋

 这个野心不算小。

       查遍中文和英文书籍,也只找到了两本比较系统专业介绍qPCR的:张惟材著的《生物实验室系列–实时荧光定量PCR》和M Tevfik Dorak的《Real-time PCR(Advanced Methods)》(Fig 1)。前者侧重于原理及应用,但几乎没有对实验标准化的介绍;后者可算是经典的qPCR技术大全了,但可惜年代稍久远(2007年),而且也并没有侧重于标准化。

                                       

              

Fig 1. Two books relevant to qPCR.

       对于qPCR这样应用甚广,几乎每个分子实验室都离不开的技术,系统专业的书籍太少,可提供给实验者的参考也很少。从这个时候起,我的这个野心就算正式萌发了。我想尽可能的汇集关于qPCR技术的信息,从其原理、实验的标准化(重中之重)到包罗万象的应用、令人拍案叫绝的技术变种(FRET检测分子互作)。可能我个人的见识仍较浅薄,但是这个过程本身就是自我提升,同时也离不开各位读者的指正补充。

       qPCR的标准化第一次在国际范围内达成共识是在2009年,Clin Chem上发表了The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCRexperiments’【1】(Fig 2),这就是MIQE的首次提出,第一作者Stephen A. Bustin是qPCR技术领域的大牛,很多关于技术革新和标准化的文章都出自他的实验室。中文翻译稿可参阅https://www.howsci.com/qpcr-miqe.html,但建议大家有时间还是去读一下英文原版。MIQE旨在指导形成统一的qPCR标准指南,从而提高实验的可重复性。后来针对qPCR的某一步骤陆陆续续有不少技术文章发表,作为MIQE的补充。

Fig 2. MIQE Guidelines in 2009.

       我的计划是参考MIQE中列出的版块进行布局,但不拘泥于此。MIQE毕竟只是一个简略的checklist,很多细节,比如数据分析时如何在参数检验和非参检验中选择等,都没有详细解释说明。这个细节,恰恰是我觉得很重要的,所以会花大力气在完善上。

       除了实验的标准化部分,我也会着重于应用的介绍和实验设计,如常规的基因表达、拷贝数变异,稳定的参考基因是必需的,而SNP实验则不需要考虑这一点,而更关注探针的特异性、模板的加样量等。我尽可能的按照目录先后排序来推送,最后肯定会补齐整个版块。

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