现在，转录组测序已经是开展分子生物学研究、基因功能研究、分子机制研究中不可或缺的一种技术手段。对转录组测序结果的评价，是通过实时荧光定量PCR（qPCR）来验证转录组结果的准确性。关于用于验证的基因的挑选，提供如下建议：
1）尽量选取表达量不要过低的基因；
2）可以选择与自己研究目标相关的基因；
3）要求选择同一批样本来做qPCR验证；
4）选择的基因数量建议不低于30个；
5）qPCR的实验操作和实验设计要符合规范，保证生物学重复和技术性重复的数量；
6）选择稳定的内参基因；
……
在完成qPCR实验后，怎样结合转录组数据做图呢？这里推荐一种比较有代表性的做图方式，可以通过这种做图方式，获取qPCR的结果和转录组结果的相关性。本图是参考了一篇Nature Biotechnology杂志的文章A comprehensive study design reveals treatment- and transcript
abundance–dependent concordance between RNA-seq and microarray data，文章中的相关性图展示如下。
此图是用qPCR分别验证了转录组和芯片（Microarray）的一致性，表明转录组和qPCR的一致性要高于Microarray。我们不需要验证两种方法，仅验证qPCR和转录组的一致性即可。每个圆点为一个基因，横纵坐标分别代表qPCR中和转录组中的两个实验组组比较后的差异倍数的log值，比如A基因，转录组结果的case组表达量是400，CK组表达量是100，这样log2 Fold Change为2，qPCR结果的case组和CK组的差异倍数是8，这样log2 Fold Change为3，这样就会在第一象限出现个（3,2）的点，验证的基因越多，就会获得越多的这样的点，根据这些点，即可计算R2值，R2值就代表了转录组和qPCR的相关性的高低。
下面，教给大家如何通过Excel制作高清大图。
1.打开Excel，输入转录组和qPCR差异倍数取log2 Fold Change的数据
2.选择“插入”，“散点图”
3.可以看到上图有纵坐标的图注，但没有横坐标的图注，可以手动加上，并调节字体、颜色，去掉网格线
4.点击图片，会看到图片右侧有关于添加内容的选项，选择“趋势线”，可看到在图片中增加了一条虚线
5.双击虚线，结果见下图，点击右下角的“显示R平方值”
6.再做适当调整，即可完成转录组和qPCR相关性验证的图
