miRNA的siRNA设计教程

非编码RNA研究中,miRNA、lncRNA和circRNA三足鼎立,虽说miRNA相比于其他两位略显过气,但却能凭着简单成熟的研究套路成为科研新手快速发表的sci绿色快捷通道。当我们从芯片或测序数据中获得差异miRNA后,首先要做的就是进行实验验证,然后在细胞中进行功能表型的验证。常规的mRNA我们一般用siRNA或shRNA,以及近年来火热的CRISPR-cas9,而miRNA敲低实验中用的最多的是inhibitor,可直接合成miRNA短片段,效果比较好,那有人会问,能不能用siRNA呢?当然也是可以的。但是如何设计miRNA的siRNA序列呢?小编在此介绍miRNA的siRNA在线设计,方便简单,很容易上手。

本文以hsa-mir-551b为例进行示范

打开赛默飞网站,并找到miR RNAi板块

https://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/setOption.do?designOption=mirna&pid=-5450791220326162815

step1需要输入Accession number或Nucleotide sequence序列,这些都需要到NCBI中去找
pubmed找到hsa-mir-551b FASTA序列
复制粘贴FASTA序列到目标网站Nucleotide sequence中
这一步我们还可以进入genebank获得NCBI Reference Sequence号,然后粘贴到Accession number中
接下来的step2-4均选项默认即可,需要注意的是第3步如果种属不同也要相应更换
点击RNAi Design
结果如下图所示

从上图结果可知,共设计出3条序列,设计质量根据黄色五角星排序,本示例中第3条优先考虑,当然,实验中最好3条序列都要验证,选择敲低效率最好的。最后设计的目标序列建议在NCBI BLAST一下

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