CSS-Palm简介:强大的生物信息学网站

今天给大家推荐一个十分强大的生物信息学网站——CSS-Palm。在分享之前,我先给大家讲述一下这个网站的重要性和权威性。

2019年3月25日,上海交大医学院的许杰教授在nature子刊Nature Biomedical Engineering杂志上发表论文,抑制PD-L1的棕榈酰化提高T细胞介导的抗肿瘤免疫

文章中,作者探究PD-L1的棕榈酰化位点时,明确提到使用CSS-Palm网站进行预测,发现PD-L1的C272位点存在棕榈酰化。

2018年12月4日,安德森癌症研究所的Mien-Chie Hung教授在cell research杂志上发表论文表明PD-L1的棕榈酰化有助于自身稳定和乳腺癌生长。

在这篇文章中,作者提到PD-L1的棕榈酰化位点同样是通过CSS-Palm预测得到。

 

除此之外,2017年9月6日波士顿大学崔儒涛教授在nature杂志上发表文章表明MC1R的棕榈酰化阻断黑色素瘤发生。

同样,在文章中,作者寻找MC1R的棕榈酰化位点也是通过CSS-Palm预测得到。

这么多高质量的文章都用到这个神奇的网站,表明它是非常可靠的:

网站创建人:中山大学任间教授和华中科技大学薛宇教授

下面给大家讲述一下该网站如何使用。

首先进入CSS-Palm网站,这是一个预测棕榈酰化位点的网站,网址为http://csspalm.biocuckoo.org/。

进入后,点击ONLINE,进入线上预测区,在预测区域内填入想预测蛋白的序列,注意,此时需要FASTA格式。我以文章中的PD-L1蛋白为例。

点击提交后,可以看到,在PD-L1蛋白上,仅存在一个棕榈酰化位点为C272,这和上述两篇文章报道是一致的。

除了可以预测蛋白的棕榈酰化,该网址还可以预测磷酸化、甲基化、乙酰化和SUMO化。下面以PD-L1为例为大家一一介绍。

1.磷酸化。在PTM区域选择phosphorylation,随后点击WEB SERVER一栏,进入预测区域。选择合适的激酶类型,输入PD-L1的蛋白序列。这里我选择的是所有的激酶类型,包括丝氨酸,苏氨酸和酪氨酸。

提交后可以看到,预测结果给出了PD-L1蛋白上哪个位点会发生磷酸化修饰,并且预测了可能介导该位点磷酸化的激酶。这不仅能给我们创造课题,还能提供可行的机制,的确好用。

2.甲基化。进入甲基化预测界面,选择所有的甲基化类型,输入PD-L1的蛋白序列。

可以看到该网站预测了PD-L1蛋白上可能存在的一些甲基化位点。

3.乙酰化。进入乙酰化预测界面,点击 prediction栏目,随后选择所有的乙酰化酶,并且填入PD-L1的蛋白序列。

可以看到,CREBBP可能促进PD-L1的K280位点发生乙酰化。

4.sumo(苏木)化。

提交后,发现PD-L1蛋白上存在能被sumo化的位点。

通过这个网站,我们不仅可以找到蛋白上可能存在的修饰位点,也能够预测一些能修饰该蛋白的酶,这为我们的科研提供很好的思路。

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