综合多个网站深入了解一个基因

当我们拿到一个基因的时候,需要深入了解一下它的功能、定位、调节机制等等,但是即便是最为全面的Genecards网站,也不能覆盖到方方面面,这就需要我们综合多个网站的结果进行了解。

今天给大家再推荐两个网站,帮助大家更好的了解一个基因。

1、CHATCancer Hallmarks Analytics Tool

网址是:https://chat.lionproject.net/

在过往的文章中,我们曾介绍过这个网站,不过上次的主题是帮助大家写开题综述时。这次的主要作用是通过这个网站来了解这个基因的主要功能及现在的研究方向在哪。

我们以HK2基因为例,输入后提交,可以看到HK2在肿瘤研究中主要有哪些功能,哪些功能的研究占了主要方面,比如在现有研究中,HK2与肿瘤细胞的侵袭转移关系比较密切。不过,HK2是基因缩写,要考虑到是否有其他基因或者检索词的缩写是HK2,可以通过图片下方Show matches for HK2进行查看,如果有的话,就要用全称或者加限定用以区分。

图片类型可以根据需求进行多种更改,柱状图、饼图、环图等,各项功能所占比例也可以通过Get chart data for HK2,得到具体数值。

2Genehopper

网址:http://genehopper.ifis.cs.tu-bs.de/

该网站是由德国布伦瑞克工业大学开发,页面友好简洁,旨在多维度了解一个基因,功能不多,但是是对其他网站搜索结果的一个很好的补充。

同样以HK2为例,我们可以看到两个搜索结果,其中第一个为HK2的假基因,第二个为我们想要找的HK2。基因下方的不同色块,可以直接链接到相应的数据库,便于进一步了解该基因的功能和机制,这方面与Genecards比较类似。

点击进去之后,我们可以看到HK2的基本信息,以及在MouseRat中,该基因的具体信息和基因号,我们继续往下拉动网页。

这就到了最为有用的方面了,左侧的图片是该基因在不同组织中的表达比较,表达水平显示的非常直观,同时会在柱状图的顶端用LowMediumHigh来表示表达程度,右侧则是该基因在不同细胞系中的表达情况,根据这个图方便你选择合适的细胞系进行体外实验研究。

还有脑各组织间的表达图。

页面最下方则是给出了包含不同转录本的文献,方便直接寻找各剪接体或者可变剪接的研究现状。

同时网站还给出了相似基因的检索,根据各指标的相似度进行排序,将结构、功能等方面与HK2相似的基因罗列出来,并对每一指标给出具体的数值。图中的数据可以下载编辑,方便对该基因有一个多维度的了解。

相信通过这两个网站的补充,能够让你迅速全面的了解一个基因,让你的课题能够顺利进行。希望今天的分享对你有用。

工具介绍

PubMed使用者指南(一)

2020-8-5 18:28:46

工具介绍

SCI-HUB最新可用链接汇总

2020-8-6 14:01:16

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