PubMed使用者指南(一)

学习一个工具最直接有效的方式就是阅读它的官方指南,今年我们来学习一下PubMed的最新指南。

更新时间:2020年6月16日

常见问题

1.我怎样获得全文?如果全文链接失效该怎么办?

2.我怎样通过作者检索?

3.我怎样通过期刊名检索?

4.通过一些信息比如作者、期刊名和出版时间,我怎样找到特定的引用?

5.我检索了太多引文,如何集中?

6.我检索了太少引文,如何扩展?

7.如何找到一种疾病的消费者健康信息?

8.如何找到系统综述?

9.有没有工具可以帮助进行临床检索或查找医学遗传学信息?

10.我没有找到我想要的,PubMed是如何工作的?

11.检索结果是如何展示的?

12.如何显示一个摘要?

13.如何保存我的结果?

14.在我检索的结果出现更新时,我可以收到邮件吗?

15.如何在PubMed报告错误及双重引用?

16.如何引用一篇文章或者将引文导出至我的文献管理软件中?

17.如何获得目录链接及分享我的检索?

18.如何下载PubMed?

19.MEDLINE/PubMed有NLM(美国国立医学图书馆)资源吗?

20.如何进一步获得帮助及训练?

今天我们一起学习一下第一部分

检索PubMed

1.如何检索PubMed?

2.我检索了太多引文,如何集中?

3.我检索了太少引文,如何扩展?

4.找到一条特定的引文

5.通过作者检索

6.通过期刊检索

7.通过日期检索

8.过滤

9.检索短语

10.截断检索条目

11.用布尔运算符(AND,OR,NOT)结合检索条目

如何检索PubMed?

1.确定研究的核心内容

2.在检索框内输入条目或核心内容

3.按enter健或者点击research

对于许多检索,没有必要使用特殊的标记或语法。PubMed使用多种工具帮助你找到相关结果:

“Best Match”排序用先进的机器学习算法将最相关的结果置于检索结果的顶部

自动完成功能会在你输入检索词时显示建议。该特性基于“为PubMed查找查询建议”中描述的PubMed查询日志分析

拼写检查功能在你出现错误拼写的检索词汇时,会提供替代拼写

引文传感器显示检索的建议结果,其中包括引文检索的术语特征,例如作者姓名、期刊标题、出版日期和文章标题

我检索了太多引文,如何集中?

为了限制检索结果的数量:

用更具体的检索条目替代广泛的条目(如下背痛而非背痛)

在检索中包括额外的条目

使用侧边栏的过滤器来限制结果,如出版时间、拥有全文、文章类型等

我检索了太少引文,如何扩展?

在引文的摘要页面上,参阅“Similar Articles”部分,以获得预先计算的与该文章密切相关的其他PubMed引文(译者注:新版PubMed应该取消了该功能)

从检索框中删除无关的或特定的条目

尝试使用替代条目

找到一条特定的引文

将文字题目粘贴到检索框内,或者输入引文细节如作者、期刊名及文章发表时间,PubMed引文传感器将自动分析并返回正确的引文。引文传感器包含一个模糊匹配算法,并将检索最佳匹配,即使检索包括一个不正确的条目。你不需要使用字段标记或布尔运算符。

通过作者检索

在检索框中输入作者的姓氏和不带标点符号的首字母,然后单击search。

如果你只知道作者的姓氏,输入作者检索字段标签[au],如brody[au]

使用姓+首字母格式(例如,smith ja)或全名格式(john a smith)输入的姓名,如果它们存在于PubMed中,则没有检索标记的姓名将作为作者或合作者进行检索。

以自然或倒序输入完整的作者姓名,例如:julia s wong或wong julia s。

在2002年之前,PubMed的引文中不包括完整的作者姓名,因此完整的作者姓名检索只能检索2002年以后的引文,也就是全文发表在文章中的时候。

用于检索的姓氏后面的逗号是可选的。然而,对于一些名字,有必要通过在姓后面加逗号来区分哪个是姓,例如,james, ryan。

省略首字母后的句点,将所有后缀放在末尾,例如,vollmer charles jr

首字母和后缀不需要。如果包含中间的首字母或后缀,则只能检索使用中间首字母或后缀发表的文章的引用。

关于作者检索的更多信息:

1.要使用检索生成器按作者检索,单击Advanced search,然后从所有字段菜单中选择作者。作者检索框包括一个自动完成功能。

2.你可以单击摘要显示上的作者链接,在PubMed中执行对作者的检索。如果作者的名字在计算上与其他已发表文献的引用相似,则结果将使用排名算法显示。

3.如果一个作者的名字只包含stopwords,使用作者检索字段标签[au]来与其他术语组合检索,例如,just by[au] seizure

4.作者的名字会被自动截断,以考虑到不同的首字母和名称,比如Jr。为了避免截断,可以在作者的名字周围使用双引号,作者检索字段标签为[au],例如“smith j”[au]。

5.使用检索字段标签[1au]来检索文章的第一个作者,使用[lastau]来检索引文中最后一个作者的名字。

更多关于PubMed中作者姓名的信息,请参阅期刊文章“PubMed中作者姓名的消歧”。

通过杂志检索

在检索框中输入下列选项之一:

1.期刊全称(比如,molecular biology of the cell)

2.名称缩写(比如,mol biol cell)

3.国际标准化编码ISSN(如1059-1524)

关于杂志检索的更多信息:

1.要使用检索生成器进行期刊检索,单击高级检索,然后从所有字段菜单中选择期刊journal。期刊检索框包括自动完成功能。

2.要找到完整的期刊名称,请使用NLM目录,或鼠标滑过引文上的期刊标题缩写(可在摘要视图中找到)。

点击PubMed主页上NCBI数据库中的期刊。

输入期刊名称并单击Search。

3.使用期刊检索字段标签[ta]将你的检索限制在期刊上,例如,gene therapy[ta],scanning[ta]

4.对于索引项的完整检索,建议使用完整的期刊题目或缩写检索;较老的引文可能没有ISSN码。

5.如果期刊标题或缩写包含特殊字符(如圆括号、方括号和),请输入不含特殊字符的标题或缩写。例如,要按期刊缩写j hand surg [am]检索,输入j hand surg am。

6.检索期刊将自动映射到官方期刊标题和与替代标题相关的标题(如果存在的话)。要关闭这种自动映射,请输入双引号和标记为[ta]的期刊,例如“science”[ta]。

PubMed中包含的期刊列表可以通过FTP获得。

通过日期检索

使用结果时间轴

按年时间轴单击并拖动结果上的滑块,可以更改检索的日期范围。

注意:以年份为时间轴的结果统计了由出版商提供的引文的所有出版日期,例如印刷和电子出版日期。这些日期可以跨越一年以上;例如,2018年11月在网上发表的一篇文章和2019年1月在印刷版上发表的一篇文章。这意味着时间轴中表示的结果总和可能与检索结果计数不同。

使用检索生成器

1.点击高级检索并使用检索生成器

2.从“All Fields”菜单中选择一个日期字段,例如“Date – Publication”,然后在检索框中输入单个日期或日期范围。日期和月份是可选的。如果要检索到当前日期为止的日期范围,请不要编辑“当前”日期框。

3.点击检索

在检索框内使用单个日期

输入日期,格式为yyyy/mm/dd[日期字段]。可用的日期字段是:

1.出版日期Date of Publication[dp] -日期检索包括印刷出版日期和电子出版日期。对单个日期的检索不包括电子出版物日期在印刷日期之后的项目。

2.电子出版日期Electronic Date of Publication(如适用)[epdat]

3.印刷出版日期Print Date of Publication(如适用)[ppdat]

4.进入日期Entry Date[edat] -引文首次进入PubMed的日期(参见Entry Date,有例外)。

5.MESH日期[mhda] -引文用MESH编入索引的日期。

6.创建日期Create Date[crdt]——引文记录首次创建的日期。

月份和日期是可选的。

在检索框内使用日期范围来检索

在每个日期之间使用冒号(:),后跟[日期字段date field]输入日期范围。

一整年的综合检索应该输入2000:2000[dp]而不是2000[dp],以检索不同印刷和电子出版年份的引文。

日期范围检索包括印刷和电子出版日期。

检索一个相对的日期范围

使用下面的格式来检索一个相对的日期范围:

  • term=”last X days”[date field]

  • term=”last X months”[date field]

  • term=”last X years”[date field]

其中X是今天日期之前的天数、月或年,[data field]是日期字段标签:[dp]、[edat]或[crdt]。

对出版日期的相对日期范围检索还将包括出版日期在今天之后的引文;因此,未来出版日期的引用将被包括在结果中。

过滤

你可以通过过滤器来缩小检索结果的范围,包括文章类型、拥有全文、出版日期、物种、语言、性别、主题、期刊类型和年龄。

使用过滤器步骤:

1.在PubMed上进行一次检索

2.单击你想要从侧边栏激活的过滤器。在激活的过滤器旁边会出现一个复选标记。

3.随后的检索将被过滤,直到所选过滤器被关闭,或者直到你的浏览器数据被清除。

最流行的过滤器默认包含在侧边栏中。要在侧边栏显示额外的过滤器:

1.点击“Additional filters”按钮

2.弹出式菜单将显示每个类别可用的过滤器:文章类型、物种、语言、性别、主题、期刊和年龄。

3.从菜单左侧的选项列表中选择一个类别:文章类型、物种等。

4.在每个类别中,选择你想要添加到侧边栏中的过滤器。

5.单击Apply。这将关闭弹出菜单,并在侧边栏上与其他过滤器一起显示你的选择。

6.如果想要取消你的选择,请单击cancel或单击右上角的X以关闭弹出窗口并返回你的检索结果。

7.要将过滤器应用到检索中,请单击侧边栏上的筛选器。

关于过滤器的更多信息:

1.当过滤器被选中时,一个“Filters applied”的消息将显示在结果页面上。

2.单击应用的过滤器将其关闭。

3.点击“Clear all”或者“Reset all filters”按钮来关闭所有的已应用的过滤器

4.某些筛选器的引用可能被排除,因为它们还没有完成MEDLINE索引过程。

5.你还可以使用我的NCBI过滤器激活其他过滤器。

文章类型

选择文章类型,根据文章所代表的材料类型缩小结果范围,例如:临床试验或综述。

你可以使用附加过滤器按钮向侧边栏添加更多的文章类型。可以获得MEDLINE出版物类型的完整列表。系统综述文章检索使用检索策略。

这些过滤器可能会排除一些尚未完成MEDLINE索引过程的引用。

拥有全文

若要筛选结果,使其只包含包含全文链接、免费全文链接或摘要的引用,可以单击适当的选择。

或者,你可以使用full text[sb], free full text[sb], 或者 ‘hasabstract’来检索拥有全文、拥有免费全文或拥有摘要的引文。hasabstract不需要检索字段标签。你也可以用“hasstructuredabstract”检索所有MEDLINE引用的结构化摘要。

注意:PubMed对1975年以前发表的文章的引用大多不包括摘要。

出版日期

要按发布日期筛选结果,可以单击1年、5年或10年。这些过滤器包括电子和印刷出版日期。

物种

物种选择器限制你的检索结果至人类或者动物。

你可以使用附加过滤器按钮向侧边栏添加物种过滤器。

这些过滤器可能会排除一些引用,因为他们还没有完成MEDLINE索引过程。

语言

语言选择将你的检索限制为使用该语言编写的文章。

你可以使用附加过滤器按钮向侧边栏添加语言过滤器

性别

对于动物或人类的研究,性别将检索结果限制为特定的性别。

你可以使用附加过滤器按钮在侧边栏添加性别过滤器。

这个过滤器可能会排除一些引文,因为它们还没有完成MEDLINE索引过程

主题

主题过滤器限制对特定主题的检索,例如:

1.AIDS艾滋病

2.Cancer癌症

3.Systematic Reviews综述

要将这些主题添加到侧边栏,请使用附加过滤器按钮。

主题使用专门的检索策略。更多的主题过滤器和主题过滤器检索策略可在PubMed主题过滤器。

主题也可以使用aids[sb] or cancer[sb]进行检索。综述也包含在文章类型过滤器中。

期刊分类和更多的子集

使用附加过滤器按钮可以选择期刊类别添加到侧边栏:

1.Dental journals

2.MEDLINE

3.Nursing journals

期刊/引文子集限制检索专业期刊或其他期刊的专业主题文章。下表列出了日志子集以及用于检索的代码。一些子集被关闭,不再分配给当前数据。

要检索期刊/引文子集,在检索框中输入:“jsubset?”,这里“?”表示子集代码。期刊/引文子集不需要检索标签。

PubMed中心子集

要将检索限制为在PubMed Central (PMC)有免费全文文章的引用,检索PubMed PMC [sb]。

使用PMID/PMCID/NIHMSID转换器转换PubMed和PMC中引用的出版物的id。要检索包含NIHMS ID的引用,请使用查询hasnihmsid。

引文状态子集

引文状态表示在PubMed数据库中某篇文章的内部处理阶段(见PubMed Citation Status Subsets)。

要检索特定的引文状态,请输入下面的一个检索词,后面跟着[sb]检索标签:

  • publisher

  • inprocess

  • medline

  • PubMednotmedline

要检索已发表文献引用的总数,在检索框中输入所有[sb]。

在印刷前引用

出版商可以提交文章的引用亿出现在网上,而在以最终或打印格式发表之前。要检索这些印刷前引用,请输入pubstatusaheadofprint。

年龄

年龄过滤器将人类研究的结果限制在特定的年龄组。

你可以使用附加过滤器按钮向侧边栏添加年龄过滤器。

年龄过滤器包括:

  • Child: 出生-18岁

  • Newborn: 出生-1个月

  • Infant: 出生-23个月

  • Infant: 1-23个月

  • Preschool Child: 2-5岁

  • Child: 6-12 岁

  • Adolescent: 13-18 岁

  • Adult: 19+ 岁

  • Young Adult: 19-24 岁

  • Adult: 19-44 岁

  • Middle Aged + Aged: 45+ 岁

  • Middle Aged: 45-64 岁

  • Aged: 65+ 岁

  • 80 and over: 80+ 岁

这些过滤器可能会排除一些引用,因为他们还没有完成MEDLINE索引过程。

检索一个短语

PubMed不执行邻接检索。然而,许多短语被PubMed自动术语映射(ATM)中使用的主题翻译表识别。例如,如果你输入“fever of unknown origin”,PubMed将这个短语识别为一个MeSH术语。

你可以使用以下格式绕过ATM并检索一个特定的短语:

1.用双引号扩起”kidney allograft”

如果你使用了引号,而短语在短语索引中没有找到,则忽略引号,并使用自动术语映射处理术语。

2.使用检索标签:kidney allograft[tw]

如果你使用检索标签而短语在短语索引中没有找到,则短语将被分解为单独的术语,例如“psittacine flight”不在短语索引中,因此对psittacine flight[tw]的检索将被分解为:(((“psittaciformes”[MeSH Terms] OR “psittaciformes”[All Fields]) OR “psittacine”[All Fields]) OR “psittacines”[All Fields]) AND “flight”[Text Word]

3.使用连字符:kidney-allograft

如果使用连字符,而短语在短语索引中没有找到,检索将不会返回该短语的任何结果。

短语可以出现在PubMed记录中,但不能出现在短语索引中。要浏览索引的短语,使用高级检索生成器中包含的显示索引特性:选择一个检索字段,输入短语的开头,然后单击显示索引。

当你以短语的形式输入检索词时,PubMed将不会执行自动的术语映射,其中包括MeSH术语以及在该术语下缩进的任何特定术语。例如,“health planning”将包括索引到MeSH术语Health Planning的引用,但不包括在自动网格映射中包含的更具体的术语,例如Health Care Rationing, Health Care Reform, Health Plan Implementation

截断检索条目

要检索所有以单词开头的术语,请输入单词后跟星号(*):通配符。

要检索一个包含截断术语的短语,使用以下格式:

  • 用双引号扩起短语: “breast feed*”

  • 使用检索标签: breast feed*[tiab]

  • 使用连字符: breast-feed*

在被截断的术语中必须至少提供四个字符。

被截断的术语必须是短语中的最后一个单词。

截断终止于一个词的末尾;它不处理空格以外的内容。

截断关闭自动术语映射和过程,包括MeSH术语和在MeSH层次结构下缩进的任何特定术语。比如,heart attack*将不会映射到MeSH术语Myocardial Infarction或者包括任何特定的术语,比如Myocardial Stunning; Shock, Cardiogenic。

将检索条目与布尔运算符(AND, OR, NOT)组合在一起

PubMed在内容之间使用AND运算符,比如 “vitamin c common cold” 被翻译为vitamin c AND common cold。输入大写的布尔运算符来组合或排除检索项:

  • AND 检索包含所有检索词的结果。

  • OR 检索包含至少一个检索词的结果。

  • NOT 从你的检索中排除检索术语。

PubMed按照从左到右的顺序进行检索。使用括号来“嵌套”应该作为一个单元处理的内容,然后合并到整个检索中。

当组合标签检索条目是“检索条目[tag] 布尔运算符 检索条目[tag]”这样的形式时,布尔运算符一定会使用。详见Search Field descriptions and tags。

PubMed使用自动术语映射来确定内容。比如,检索air bladder fistula,PubMed将会把

air bladder作为一个短语进行检索。如果你不想要这种自动短语解析,使用布尔运算符AND,比如air AND bladder AND fistula。

Search Details部分展示了一个检索是如何被翻译的。

原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/

工具介绍

PubMed使用者指南(二)

2020-8-5 18:28:45

工具介绍

综合多个网站深入了解一个基因

2020-8-5 23:44:42

声明 本网站部分文章源于互联网,出于传递更多信息和学习之目的转载,并不保证内容正确或赞同其观点。
如转载稿涉及失效、版权等问题,请立即联系管理员;我们会予以修改、删除相关文章,请留言反馈
Notice: When your legal rights are being violated, please send an email to: [email protected]
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索