公开数据库纯生信影响因子5分的HRDscore

大家好，Duang~duang~我又来了！对于昨天公众号推出的HRD热点，填表的粉丝超级多，但是也有很多粉丝说理解不了。那么今天就给大家简单介绍下今年关于HRD热点两篇发表在CLINICAL CANCER RESEARCH（IF: 10.107）的文章。

在分享文章之前，首先对相关概念和知识做一个简单的介绍：

HRR：DNA同源重组修复（Homologous Recombination Repair），是DNA双链损伤的重要修复方式。

HRD：同源重组修复缺陷（Homologous Recombination Deficiency），HRD是肿瘤组织常见的一种特征。

HRD marker：证据最全的HRD生物标记是胚系BRCA1/2突变，但是其它HRD相关基因突变（eg: PALB2, CDK12，RAD51, CHEK2, ATM等）也可能会引HRR通路失调进而引起HRD，诱导肿瘤细胞死亡。

HRD 得分: FDA获批的Myriad’s myChoice HRD检测综合基因组杂合性缺失(LOH)、端粒等位基因不平衡（TAI）、大片段迁移（LST）等进行评分，分值≥42分或BRCA突变者定义为HRD阳性。

HRD患者治疗：HRD患者肿瘤细胞对铂类药物或者PARP抑制剂更敏感，已用于临床，有显著的临床治疗效果。

文献分享1：

Detection of molecular signatures of homologous recombination deficiency in prostate cancer with or without BRCA1/2 mutations

携带or不携带BRCA1 / 2突变的前列腺癌同源重组缺陷的分子标记检测（2020 Jun 1）

数据：PRAD-CA, EOPC-DE, PRAD-UK队列前列腺全基因组测序数据、TCGA前列腺癌全外显子组测序数据

思路：研究使用基因组数据评估了HRD水平，已知的BRCA突变样本中发现了HRD相关的突变特征，在没有携带BRCA突变的样本中也检测到了相关突变特征，TCGA全外显子数据也得到了相似结果。基于HRD相关突变特征，预测5-8%的前列腺患者会因PARP抑制剂获益。

结果

1 、前列腺癌全基因组BRCA突变频率

2、基于基因组疤痕的HRD得分比较，发现有部分样本未突变，HRD得分也大于42

3、 BRCA 功能缺失与突变特征的关系

4 、HRDetect 得分（不同突变特征间比较）

5 、其他HR相关基因的突变分析，未发现等位突变

6、肿瘤异质性分析，无明显差别

7、转移性前列腺癌的HRD得分和HRDetect得分比较

文献分享2：

Genomic Methods Identify Homologous Recombination Deficiency in Pancreas Adenocarcinoma and Optimize Treatment Selection

基因组方法识别胰腺癌同源重组缺陷并优化治疗选择（2020 Jul 1）

结果：

1 、胰腺癌中热点突变基因和HRD基因landscape

2、胰腺癌不同铂治疗和非铂治疗患者生存

3 、不同突变状态的LST得分比较

4 、不同HR基因突变和基因特征的病人，在铂的影响下的生存比较

5 、基因组的方法识别HRD的一致性和稳定性评估

综上可以看出，围绕HRD展开的大部工作是研究HRD相关基因的突变情况，尤其是BRCA1/2的体细胞突变和胚系突变，基因组学识别HRD的准确性。没有涉及任何转录组学的研究。因此，那么是不是可以从基因组识别HRD分组出发，构建转录组的预后signature看看与基因组学识别的一致性呢？因此，生信人推出基于转录组学的HRD预后思路：

公开数据（自测数据更佳）纯生信

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