m6A的纯生信文章思路

无论医疗工作者还是研究生等等，如何在繁忙的工作生活中运用最短的时间，无需做实验发一篇SCI，一直是我们最头疼的问题！而如今纯生信文章就是作为SCI入门级别的不二选择！小编今天就为大家介绍一篇热点m6A的纯生信文章，摸清套路，总结方法，就是我们看文章的第一步。文献网址：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32500031/

文章主要思路是首先通过TCGA下载结直肠癌的m6A基因表达及临床信息，然后筛选出差异性m6A基因。并进一步生存预后分析得出相关基因（YTHDC2、ALKBH5），从而构建癌症预后模型。最后通过与流行病学数据的相关性研究、预测生存概率来验证预后模型的可靠性及科学性。

有研究表明，在结直肠癌中，表观遗传的改变会更早和更频繁。其中，RNA甲基化（m6A）在体内会影响细胞成长分化，从而导致一系列疾病的发生如肿瘤，神经疾病，免疫疾病，胚胎发育迟缓等等。因此，探讨m6A的调控作用，能对癌症的发生发展，早期标志物的选择提供新的见解。

首先从TCGA中下载522个样本数据，其中包括487个结直肠癌样本，35个癌旁组织样本（表1）。

表1 结直肠癌样本的临床信息

再进一步在癌症与癌旁组织样本中进行差异表达分析，结果求出7个下调基因（METTL14, WTAP, YTHDC1, YTHDC2, ALKBH5, FTO, and YTHDF2），及1个上调基因（YTHDF1）。

在不同癌症分期中进行差异表达分析，结果求出上调基因（WTAP）和下调基因（FTO）（图1）。以上结果提示m6A调控基因与CRC发生发展具有潜在关联，为建立CRC预后风险模型提供数据支持。

图1 m6A基因在CRC中差异表达情况

并将两个基因通过LASSO回归分析构建预后模型，以风险评分中位数分组进行Kaplan-Meier生存分析。结果显示不同分组的生存概率具有显著的统计学意义，提示预后模型的可靠性及科学性（图3）。

图3 a COX回归分析结果 b 不同风险评分的生存概率

同时将年龄，性别，肿瘤分期，风险评分纳入到多因素COX回归分析中，结果显示m6A模型预测生存预后具有可靠性，不受年龄，性别及肿瘤分期的影响（图4）。

图4 a-c 预后模型与流行病学数据相关性分析；d 多因素COX回归分析结果

图5 a 1年、3年、5年生存概率预测情况；b-d 预测生存概率与实际生存概率吻合程度

从图中可以看出，文章的总体主要还是遵循传统的思路：数据下载—求差异—预后分析—模型建立。并且文章新颖的一点是最后进行的（预后模型与流行病学数据相关性分析），这样能够一定程度探讨两者的相互影响，进而证明模型的可靠性，这也是一开始很多小伙伴没有考虑到的问题。同时文章还有需要补充的地方，就是外部数据的验证，相信加上这一点，更能加深模型的科学性与广泛性！

并且小编通过查找Pubmed发现，虽然m6A一直是生信的宠儿，但大多数文章都集中在IF=5以上，都是结合实验的高分文章，而纯生信低IF的仍在少数中。所以这类型目前仍可作为入门SCI的敲门砖。冠上新的热门基因，替换癌症类型，加上外部基因的验证，摇身变成新的文章啦！