蛋白相互作用数据库总结(1):STRING与InBio Map

每一个个体都要和其他人进行联系才能发挥更大的作用,基因就和人一样,基因之间也是通过基因之间的相互作用完成功能的。那么我们在研究自己的基因的时候,要怎么才能知道哪些基因和我研究的基因相互作用呢。网上有很多的蛋白相互作用数据库。这次就为大家介绍介绍几个蛋白相互作用数据库,方便大家进行查找比对。

           

下面就分三期给大家逐个介绍一下数据库的使用

1.STRING数据库(https://string-db.org)

      

 

老牌的蛋白相互作用数据库,现在已经更新到10.5的版本,所以数据的更新速度还是值得保证的。下面介绍一下最基本的用法吧。

打开数据库后,我们可以在左边看到选项栏。

           

大家根据自己的需要选择即可。这次我们就用单个基因进行演示吧。选择“protein by name”。用法很简单就是输入自己想要检索的基因名和物种即可。

           

结果部分大家也肯定在现在好多文章里面见过的

           

我们可以通过“settings”来界定纳入我阈值,可以通过”analysis”查看相互作用基因的富集结果。“通过export导出结果”。如果觉得相互作用的基因还是太少,也可以通过“more”来增加基因。

2. InBio Map(https://www.intomics.com/inbio/map/#home) 号称是最全面的蛋白相互作用数据库

           

用法也是很简单数据基因名即可。如果要指定物种只需要在后面加入”_human”即可。例如”INS_HUMAN”即为检索人INS基因。我们这次输入“INS_HUMAN”。结果也是以网络图的形式呈现的。

           

在网络图的右边会有一个状态栏来,让我们进行自定义结果

    

由这个状态栏我们可以看到在网络图中相互作用的蛋白的类型。同时也可以下载数据和设定新的cut off值。

今天的两个数据库的用法就讲到这里。后面的数据明天讲呦,不见不散。

工具介绍

人类蛋白免疫组化表达数据库

2020-7-16 21:35:22

工具介绍

蛋白相互作用数据库总结(2):IID与BioGRID

2020-8-4 19:14:08

声明 本网站部分文章源于互联网,出于传递更多信息和学习之目的转载,并不保证内容正确或赞同其观点。
如转载稿涉及失效、版权等问题,请立即联系管理员;我们会予以修改、删除相关文章,请留言反馈
Notice: When your legal rights are being violated, please send an email to: [email protected]
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索