最近几年，生信数据挖掘得到越来越多的认可，不少人通过利用公共数据库的资源成功发表SCI文章，为自己毕业、职位晋升打通道路。虽然生信类文章数量骤升，纯生信发文越来越困难，但是每年也有不少此类文章出现。相比于耗时耗力的湿实验，纯生信文章仿佛更受到急需毕业、晋升群体的喜爱，那今天就向大家分享一篇今年6月份刚发表的3+纯生信单基因挖掘文章，其文章思路比较清晰，操作难度不大。
这篇文章的目的是为了阐明PRKACB表达与CRC患者结局之间的可能关系，作者利用GEO，Oncomine和TCGA数据库鉴定并验证了PRKACB在结肠癌患者正常组织和肿瘤组织的表达，并基于TCGA谱进行了临床病理资料和生存分析，希望对结直肠癌发生发展提供有用的见解。
从GEO数据库下载含有CRC肿瘤和非肿瘤组织的七个数据集GSE110225，GSE32323，GSE44076，GSE9348，GSE41328，GSE21510，GSE68468；从TCGA数据库下载结直肠癌相关的mRNA数据；从cBioPortal数据库下载CRC患者的临床资料及PRKACB RNA Seq V2 的数据。在oncomine数据库中进行验证。
作者首先通过GEO数据库和TCGA数据库对PRKACB在结直肠癌患者正常组织和肿瘤组织的表达水平差异进行分析，发现PRKACB在CRC肿瘤组织中呈现低表达。
接下来，为了验证上述结果，作者在oncomine数据库中设置p值≤1E-4，倍数变化≥2，基因排名在前10％为阈值，对15个研究进行了PRKACB表达的Meta分析，同样证实PRKACB在CRC肿瘤组织中呈现低表达。
发现PRKACB在CRC肿瘤组织和正常组织中存在差异后，接下来作者通过cBioPortal数据库下载临时TCGA数据，分析了PRKACB低表达对患者生存率的影响，发现在肿瘤组织中PRKACB低表达与患者无病生存率和总生存率较差相关；同时发现，PRKACB低表达在患者1年，3年，5年OS中均是一个高危因素。
此外，作者还在不同人群中进行了亚组生存分析。发现PRKACB低表达是男性，白人，非粘液性腺癌患者以及III-IV期患者的危险因素。
接下来，作者同样利用cBioPortal数据库下载的时TCGA数据分析了RKACB与CRC患者临床病理特征之间的关联，发现只有年龄和性别与PRKACB表达水平有关，而BMI指数，肿瘤分期，淋巴结分期，转移分期，AJCC分期，淋巴结浸润，神经浸润，血管浸润，人种以及肿瘤状态与PRKACB表达没有显著性差异（P>0.05）。
接下来作者利用TCGA官网下载的mRNA数据进行PRKACB相关基因鉴定，根据差异表达基因与PRKACB的斯皮尔曼系数（-1至1），选择 P<0.05的基因定义为PRKACB相关基因．对这些PRKACB相关基因进行KEGG / GO生物过程富集分析。
PS:正常情况下，单基因无法进行功能富集分析，而作者在差异表达的基因中筛选出PRKACB的相关基因群，通过对这些相关基因群的富集分析就能够间接分析出PRKACB的功能。作者这种“由此推彼”的分析方法非常值得借鉴。
在此步骤中，作者同样利用的是PRKACB相关基因。将PRKACB相关基因上传到STRING网站分析蛋白质之间的相互作用关系，将交互作用得分0.400（中度可信）被视为截止标准。删除与其他蛋白质没有相互作用的蛋白质节点。然后，将PPI对输入到Cytoscape软件构建PPI网络，并根据Cytoscape插件（cytoHubba的等级）确定前10个中心基因（PRKACB，ATP2B2，MAPT, PHLPP2，ABCCB，GRIN2A，MYLK，GRIA1， BCHE，ADCY2）。
最后，作者使用cBioPortal数据库中的共表达在线分析功能进行基因共表达分析，并利用Cytoscape软件绘制基因共表达网。分析表明PRKACB与FAM167A,NRIP3, RASL11B, ST13P4, TMEM99呈完全正相关，与ALPP，C3ORF70，JUND，ZBTB7A呈完全负相关。如作者在讨论部分所叙述的， 研究证实NRIP3, RASL11B在乳腺癌、肾细胞癌中发挥抑癌作用，ALPP，JUND，ZBTB7A在胃癌、前列腺癌，乳腺癌等多种癌症中促进癌症的进展。因此，作者猜测PRKACB与这些抑癌因子发挥协同作用共同抑制肿瘤生长，与那些促进肿瘤发生的基因则拮抗PRKACB的抑癌作用。即证明：PRKACB在肿瘤组织中可能作为抑癌因子发挥作用。
其实，相对于一般的生信灌水套路文，这篇文章的分析内容已经算是比较丰富的了，当然，如果想要冲刺更高分的文章，可以进行临床数据验证，采取患者的组织样本验证目标基因的表达水平，并分析其与患者病理资料的关系等。
不难发现，1-2分的生信文章只需要简单的TCGA或者GEO 数据库分析就可以满足，而3-5的生信文章则需要多个数据库的联合使用，如果想要冲刺5+的文章，则需要进行后续的细胞水平甚至动物水平的实验验证了。如果你手里面恰好也有一个确定的目标基因，不防试试这篇文章的生信挖掘套路，不仅可以不做实验获得一篇3+SCI文章，还可以为后续的实验可以提供数据支撑，何乐而不为呢?
