我们知道R包一般储存在两个仓库:
1、CRAN,来自R官方
2、bioconductor,生信专属
但有一些R包并没有正式在这两个仓库发布,而是存储于github–全球最大的同性交流平台(摘自依凡老师语录)。
比如celltalker这个包,是单细胞测序分析里面找受体配体配对关系的,我们以这个包为例来看看如何安装。
首先,登录github官网https://github.com/,搜索一下celltalker
出现一条搜索结果
继续点蓝色字,进入这个包的页面,
网页里面其实已经给出了第一种方法
方法一、利用devtools安装
如果没安装devtools,需要先安装一下。
install.packages(devtools)
然后利用这个工具装包
library(devtools) ##调用这个包
install_github("arc85/celltalker") ###安装R包
看起来一气呵成,自动化代码太贴心了!可是,现实却很骨感,最近用代码安装几乎就没有成功过,总是连接不上,难道就因为github来自国外?
报错如下
即便把这个代码运行一百遍,得到的还是一样的结果,小编脾气不好,差点把电脑砸了。
还好,小编后来发现了更稳的方法!–直接从网站下载,本地安装。
方法二、本地安装法
首先从github下载安装包。
点一下Clone,再点一下Download ZIP,就可以下载了。
比如下载到D盘,把压缩包解压一下,
install.packages("D:/celltalker-master/",repos=NULL,type="source")
如果安装的过程中报错,比如提示依赖包tidyverse没有安装,则需要单独装一下。
library(celltalker) ###调用此包,检测一下有没有装上
运行之后,没有报错,安装成功!
小编又用此方法试了其他几个包,都非常顺利,一点都不闹心!