SNP与疾病易感性meta分析学习笔记

让大家久等了，让我们继续上次那篇文献的学习~

引用文献：Salameh H, Raff E, Erwin A, et al. PNPLA3 Gene Polymorphism Is Associated With Predisposition to and Severity of Alcoholic Liver Disease. Am J Gastroenterol. 2015;110(6):846‐856.

（文献题目：PNPLA3基因多态性与酒精性肝病的易感性与严重性有关）

初步检索了总共254篇文献。在查看文章标题和摘要后，共得到了14篇文章并查阅了全文。其中的4项研究由于数据无法用于分析或不是完整的文章而被排除，最终纳入10项研究包含4112个病例进行此次meta分析。

10项研究均报道了PNPLA3多态性与酒精性肝硬化（AC）关系的数据，分别有4项研究报告了酒精性肝损伤（ALI）和肝细胞癌（HCC）数据，而只有一篇研究报告了酒精性脂肪肝（AFL）数据。

在这10项研究中，有7项中包含了健康对照，然而另外三项研究没有对照组。在2项研究中，健康对照组是没有肝脏疾病的酗酒者，在4项研究中是没有肝脏疾病的不饮酒者，1项研究中的对照组为没有健康疾病者，既包括饮酒者也包括不饮酒者。

除了一项研究包含的是Mestizio（即来自墨西哥的欧美混合血统者）以外，所有纳入的研究都包含高加索人种（Caucasian）。

基于之前所述的NOS量表，对纳入的研究进行质量评价，其中认为5项研究是高质量研究。另外，7项研究中对照组人群基因型频率均符合HWE。

PNPLA3多态性（rs738409）在酒精性肝病（ALD）患者中与健康对照的比较

总共分析了7项研究中的2878个ALD病例和4091个对照者。分别将PNPLA3 rs738409多态性在AFL（1项研究）、ALI（3项研究）、AC（7项研究）和HCC（2项研究）与健康对照组进行了比较。

PNPLA3多态性（CG vs. CC）与ALD之间关联的汇总数据的效应大小及95%CI森林图

备注：a.脂肪肝vs.健康个体；b.酒精性肝损伤vs.健康个体；c.酒精性肝硬化vs.健康个体；d.肝细胞癌vs.健康个体。每项研究统计最后一行是利用随机效应模型分析得到的汇总效应大小，OR>1表示各自结果的风险或阳性关联，OR<1表示保护效应或阴性关联，不跨过1的95%CI表示关联显著。MCS：多中心样本；PS：基于人群的样本。

PNPLA3多态性（GG vs. CC）与ALD之间关联的汇总数据的效应大小及95%CI森林图

备注：a.脂肪肝vs.健康个体；b.酒精性肝损伤vs.健康个体；c.酒精性肝硬化vs.健康个体；d.肝细胞癌vs.健康个体。每项研究统计最后一行是利用随机效应模型分析得到的汇总效应大小，OR>1表示各自结果的风险或阳性关联，OR<1表示保护效应或阴性关联，不跨过1的95%CI表示关联显著。MCS：多中心样本；PS：基于人群的样本。

PNPLA3多态性（rs738409）与酒精性肝病的严重程度

8项研究包含3711个ALD患者用于此结果分析。

PNPLA3多态性与ALD疾病谱中疾病关联的汇总数据的效应大小及95%CI森林图

备注：a.酒精性肝硬化与酒精性肝损伤比较（CG vs.CC）；b.酒精性肝硬化与酒精性肝损伤比较（GG vs. CC）；c.肝细胞癌与酒精性肝硬化比较（CG vs.CC）；d.肝细胞癌与酒精性肝硬化比较（GG vs. CC）；e.肝细胞癌与酒精性肝硬化比较（GG vs. CG）。每项研究统计最后一行是利用随机效应模型分析得到的汇总效应大小，OR>1表示各自结果的风险或阳性关联，OR<1表示保护效应或阴性关联，不跨过1的95%CI表示关联显著。

种族分析

将包含Mestizo人种的研究剔除后，汇总效应大小与删除前结果基本一致。

对5项高质量研究进行分析后，数据未发生改变。

IPD数据分析

从5项研究中得到了2033例ALD患者的IPD数据。

对IPD数据进行广义线性回归模型分析，逐步将年龄和性别加入到模型中发现OR并未改变，且方向是一致的。

IPD中肝硬化和肝细胞癌OR的广义线性回归模型

备注：F：女性；M：男性；Model 1：未根据年龄和性别进行校正；Model 2：根据年龄进行校正；Model 3：根据年龄和性别进行校正。

对于AC患者中的HCC经年龄和性别校正后的OR虽仍然具有显著性，但可信区间很大（0.1~174.2），可能是由于仅仅使用了2项研究中358例病人，样本量较小所导致的。

现有的meta分析证明了PNPLA3基因多态性与ALD关联的几个重要发现。与对照组相比，PNPLA3多态性在ALI、AC和AC中的HCC患者更普遍。此外，与ALI或AFL患者相比，AC患者中PNPLA3多态性更普遍，与AC无HCC患者相比，AC患者中HCC患者的PNPLA3多态性较普遍。FL且饮酒者与对照组相比，PNPLA3多态性数据相似。个体病人数据（IPD）也证实了这些观察结果。

酒精性和非酒精性脂肪肝疾病的疾病谱是相似的，最初是肝脂肪变，然后是炎症、纤维化，最后是肝硬化。90%的重度酗酒者会出现肝脏脂肪变性，通常是大泡性的。脂肪浸润在2周内迅速发展，并在戒酒后消失。本次meta分析发现，AFL中的饮酒者和对照组中PNPLA3多态性相似，这与AFL是酗酒者的普遍情况，并且在戒酒后是可逆的这一事实相符。然而，对于ALI、AC和HCC来说，情况并非如此。

Stickel等人回顾了以往关于酒精中毒患者酒精脱氢酶基因多态性的研究，且结果显示不一致。现有的数据没有提供明确的证据证明酒精代谢酶（酒精脱氢酶）、抗氧化酶（CYP2E1、GSTM1、MnSOD）或细胞因子（白细胞介素和肿瘤坏死因子）基因型多态性对ALD的发展有作用。PNPLA3是经反复研究证实的第一个易患ALD的遗传标志物，且其与疾病的严重程度有关，正如我们在此次meta分子中所示。

最近的两项meta分析显示PNPLA3与晚期肝纤维化的关联性。在一项研究中，由于纳入了不同肝病病因的患者，导致数据出现了异质性。此外，这项研究只纳入了3项关于酒精性肝病的研究，而我们此次meta分析中有5项研究。我们的meta分析提供了比较ALD患者与健康对照组的汇总数据，其中关于PNPLA3多态性与HCC关联的研究有2项，与AC关联的研究有4项。并且，我们还研究了其余包括FL和ALI的ALD疾病谱与PNPLA3多态性的关联性。我们对肝纤维化和AC风险的研究结果与第二个meta分析相似，除了GG基因型的OR较低。这可能是由于该分析包括了三篇以摘要形式发表的引文，而这些引文并没有包括在我们目前的分析中。在另一项meta分析中，肝硬化患者中的PNPLA3多态性与HCC相关。我们的meta分析除了证实这项研究发现外，还研究了酗酒者与健康对照组相比的HCC风险。此外，我们还研究了PNPLA3多态性的与其他ALD疾病谱的关联性。

我们的分析可能会受到发表偏倚的限制。为了最大限度地减少这种可能性，以及随后因阴性研究识别失败而导致的真实疗效大小的高估，我们将PubMed/Medline、Embase和Cochrane的检索与人工检索相结合。尽管我们使用的程序与当前的指南一致，但我们不能完全排除遗漏无法获取的研究的可能性。本次meta分析的另一个局限性是纳入的病例对照研究，与随机试验相比，其中潜在的偏倚（如选择偏倚和报告偏倚）更高，而且它们更多是固有的混杂因素。在此次分析中，对照组rs738409基因型频率均符合HWE是本研究的一个优势，因为可以排除抽样偏倚或因人群分层而产生的基因关联，但一些作者表明，HWE检测不是检测基因分型错误的可靠方法，当然也就不能排除人群分层。最后，我们无法从纳入的研究中检索到所有的IPD（仅获得46%的IPD），尤其是Stickel等人的最大研究（1419名患者）。因此，我们只将IPD用于亚组分析，而不是我们的主要结果分析。

总之，本次研究结果表明PNPLA3 rs738409多态性可以增加酗酒者中整个ALD疾病的发病风险，和AC及HCC在ALI患者中的发病风险。今后需要更多的研究以明确PNPLA3与饮酒者脂肪变性的关系。PNPLA3基因有可能成为ALD治疗以及ALD患者中移植供体器官选择的一个潜在靶点。

这篇文章到此就学习完了，本次研究的新发现在于：①PNPLA3多态性会增加整个ALD疾病谱的风险；②这种关联的强度会随着肝脏疾病严重程度的增加而增加，从酒精性肝损伤，到酒精性肝硬化再到肝细胞癌；③有关PNPLA3多态性与酒精性脂肪肝关联的数据是不一致的；④对5项研究的IPD和5项高质量研究分别进行单独分析时，得到的数据保持不变。

本文也存在着一些值得进一步完善的地方，除了方法部分文献检索和纳入排除标准顺序不合乎研究操作步骤之外，使用NOS工具对分子流行病学研究进行文献质量评价是欠妥的，最好能够结合遗传关联性研究的特点稍作具体条目的修订。此外，在进行文献检索时未提到是否有检索到PNPAL3的GWAS（全基因组关联研究）。但是，本文以较高的质量紧扣临床，为未来的研究方向提供了重要的启示，值得我们大家学习和借鉴~