耳听为虚，眼见为实，很多时候我们需要用眼睛来亲自看一下发生了突变的SV。尤其是这些突变非常关键的时候。通过可视化进一步确认SV的可靠性是非常有必要的。IGV就是这样一款非常有用的基因组可视化工具。tablet只能用来看测序数据，而IGV除了能够查看每个位点的测序覆盖情况，同时也可以查看位点的突变情况，功能更加强大。
IGV
Integrative Genomics Viewer 交互式基因组浏览器，它是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。
下载安装：
由于需要使用java，一些设备默认没有安装java，需要提前配置好jiava运行环境。
java下载地址：https://www.java.com/zh_CN/
igv下载地址：http://software.broadinstitute.org/software/igv/home
使用案例
IGV支持多种文件类型。
输入文件：
fasta：参考基因组
bam：测序数据比对文件
vcf：突变信息文件
bed：基因组坐标区间信息
1、启动软件，启动的时候会突然闪一下，这是在dos下完成软件启动，第一次启动软件自动从亚马逊云下载人基因组hg19序列，比较讨厌。
2、这就是软件界面，看起来比较简陋。
3、首先点击Genomes，加载基因组序列，基因组序列可以来自于本地文件，来自于网络服务器，来自于一个网址，如果点击from server，然后选择需要的物种，将会开始下载，下载速度还比较快。
4、导入完基因组序列之后，就可以导入其他文件，点击菜单中的File，同样文件也可以从本地加载，从服务器或者从一个网址下载，一次可以载入多个样品文件。
5、加载文件bam后，直接点击右上角放大。
6、通过IGV可以详细查看每一个突变类型，支持的reads等。
除此之外，IGV还可以同时比较多个样品间的差异，支持导入需要查看的基因列表快速等位，可以将感兴趣区属信息输入出来，也可以将当前界面进行截图保存等等特性。更多内容可以查看IGV的详细文档。
http://software.broadinstitute.org/software/igv/userguide
