TRRUST (Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining) 是人工注释的转录调控网络数据库,目前的第2版包括两个物种——人和小鼠。
TRRUST数据库包含800个人的转录因子和828个小鼠转录因子,包含的人和小鼠的转录因子-靶标调控关系分别是8444和6552对。这些数据来自PubMed的11237篇关于转录调控的低通量实验研究的文献。
使用TRRUST数据库,可以很方便地查询与任意一个基因相关的转录调控,还可以查询调控一组基因的关键转录因子。下面举例说明这两个方面的应用。
一、查询一个基因
以NFkB为例, 查询方法如下:
如果输入的基因本身是编码转录因子的基因,则会输出该转录因子的靶基因、调控该转录因子的其他转录因子、以及与该转录因子有共同靶基因的其它转录因子的列表,还会输出该基因相关的疾病、KEGG、GO等功能注释。如果输入的基因不是一个转录因子,则只会输出调控该基因的转录因子。这些结果都可以下载。
NFkB本身是转录因子,下表显示了它调控的靶基因,这对调控关系是激活、抑制、还是未知,以及报道这对关系的文献的PubMed ID。右边是以HumanNet为背景网络构建的靶基因之间的功能关联网络。点击下载图标可下载左边的表格。
类似地,调控NFKB1的转录因子的列表如下面左边,右边是这些转录因子之间的蛋白相互作用网络。
与NFKB1调控相同靶基因的转录因子的列表如下:
与NFKB1相关的疾病:
与NFKB1相关的KEGG和GO通路:
二、查询一组基因
以网站提供的数据为例,这是人的乳腺癌中敲除了ESR1基因后得到的33个差异表达的基因。将基因列表粘贴到框里,点击提交:
搜索找到了其中12个基因的转录因子,ESR1调控了其中的6个基因,排名第1,说明ESR1是调控这一组基因的关键转录因子。见下表。
参考文献:
Heonjong Han et al. TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions. Nucleic Acids Research 26 Oct, 2017