我们在做qPCR的时候首先需要的就是设计引物。设计引物的软件有很多的。而这次介绍的这两个
MRPrimerW2(http://mrprimerw2.com/)是一个用来设计引物的软件。
MFEprimer(https://mfeprimer3-1.igenetech.com/spec)是一个可以用来评估引物质量的数据库。
MPRrimerW2
MPRrimerW2支持九个物种的引物设计网站。我们可以通过输入基因名/fasta序列格式来设计引物的数据库。
另外这个网站可以一下子输入很多的基因，来一次性的设计很多基因的引物。
同时网站对于引物的自定义还有更近一步的设置。这个方便我们设计出自己想要的引物
结果
结果输入完之后，我们点击primer search即可检索想要的引物。
结果当中，每个基因都会的想相对应的引物。我们可以选择引物评分的TOP 1/10/50来呈现结果
MFEprimer
我们在设计完引物之后，可以得到很多的候选引物。这个时候可以通过查看引物的质量来进一步的选择哪个引物更好一些。这样就可以进一步的选择最佳的引物进行预实验了。
我们需要做的就是把之前设计的引物放到这个下面的检索框里即可。至于哪个是正向哪个是反向，引物组合之间怎么组合。系统会把所有的排列组合都情况都算一遍。我们只需要在结果当中找到和我们想要的组合就行。(网页版本的最多只能输入50条序列哈)
接下来选择我们目标物种。同时也可以通过设置Tm/Size等了设置引物设计的范围。
结果
输出结果当中包括:
- 对于每一条引物的基因信息
- Hairpin 和 Dimer 的信息
- 不同引物组合的结果的总结
- 具体不同组合扩增结果的详细信息
数据库总结
以上就是关于引物设计的两个数据库，通过软件设计，引物评价。我们可以得到候选的引物。引物设计完，最后还是需要实验验证。建议还是在设计的时候多设计几组通过实验再选择好的引物。
另外如果研究想要找到之前发表文献所用到的引物。可以试试primerbank。
