基因相关信息查询:ncbi旗下的gene数据库

我们在进行基因相关研究的时候,如果要研究一个基因,那么首先要知道这个基因的一些基本信息,检索基因相关的网站还是很多的。其中比较出名的还是genecards。一个汇总的了很多数据库的的综合性基因查询网站。但是,这个网站只能检索和人相关的基因。其他物种的就不支持了。

这次介绍的这个是ncbi旗下的gene数据库

(对就是pubmed那个数据库,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene),它可以用来检索不同物种的基本上所有的相关信息。

检索方式:

gene数据库在检索上其实和我们使用pubmed是类似的。它的检索方式有多种。我们既可以检索基因名;同时也可以检索某一文献的PMID来获得这个文献的相关基因。同时也可以检索某一疾病得到和这个疾病相关的所有基因。下面的表格上是一些检索的官方例子。

Find genes by… Search text
free text human muscular dystrophy
partial name and multiple species transporter[title] AND (“Drosophila melanogaster”[orgn] OR “Mus musculus”[orgn])
chromosome and symbol (II[chr] OR 2[chr]) AND adh*[sym]
associated sequence accession number M11313[accn]
gene name (symbol) BRCA1[sym]
publication (PubMed ID) 11331580[PMID]
Gene Ontology (GO) terms or identifiers “cell adhesion”[GO]  10030[GO]
genes with variants of medical interest gene_clinvar[filter]
chromosome and species Y[CHR] AND human[ORGN]
Enzyme Commission (EC) numbers 1.9.3.1[EC]

这次我们利用 TP53做了例子进行讲解。我们检索 TP53之后会出现这样的结果。结果当中包括主要的检索结果,以及对于结果的进一步筛选方式

我们选择人的TP53基因。进去之后就是和基因相关的所有信息了。其中包括以下这些部分:

大致可以分为以下多个部分:

summary(基因相关信息简介)

在这个部分,我们可以查看和几个基因相关的基因信息。我们可以看到这个基因的 曾用名其他数据库ID及链接 以及简单的介绍等等。

基因序列相关信息介绍

Genomic context:这个部分我们可以查看这个基因在DNA水平染色体位置上的相关信息。同时也可以简单了解起上下游的基因。如果想要看详细信息,我们可以通过 Genome Data View来查看结果。

Genomic regions, transcripts, and products:这个部分我们可以在RNA水平上各个转录本的相关信息

NCBI Reference Sequences (RefSeq):这个部分,可以查看 TP53的所有基因序列信息。我们可以查看其基因组的序列,也可以查看每个转录本的序列以及转录本翻译成蛋白的序列。其中关于转录本的信息也有简单的介绍。如果需要详细的介绍点击链接即可

基因表达信息

Expression:可以查看在二代测序的数据当中,不同的正常组织中 TP53的基因表达情况。

基因功能相关信息

Phenotypes:这个部分可以用来查找和 TP53相关的表型情况。包括:相关的疾病信息拷贝数变异以及 GWAS情况

Pathways from PubChem: 这个部分我们可以了解和 TP53有关的通路。其数据结果来自于各个综合性的通路分析数据库。

General gene information:这个部分我们可以了解和 TP53有关的GO分析的结果。这个结果也是综合了多个数据库的结果。

目标基因相关的文献

Bibliography:在这个部分,我们可以查看和这个基因相关的所有相关文献。这个部分主要分为两个部分。

  1. 所有和 TP53相关的所有文献。
  2. GeneRIFs(Gene References Into Functions),这个功能类似于筛选出和这个基因功能有关的文献。

其中基于GeneRIFs,我们可以分析和这个基因有关的研究程度。这个就等以后再介绍吧。

数据库总结

关于几个基因相关功能的查询,如果是研究人的话,还是推荐用genecards。毕竟综合了多个数据库的结果。如果是研究其他物种的话,那还是使用gene数据库的。另外如果想要获取基因的相关序列以及查看GeneRIFs这个功能。那gene数据库也是不错的选择。

工具介绍

基因融合检测数据库介绍

2020-5-26 15:53:32

工具介绍

M2IA:微生物组 代谢组在线分析工具

2020-5-27 11:59:41

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