基因融合检测数据库介绍

因融合指的是两个或者多个基因的部分序列结合到一起形成了一种新的基因。随着高通量测序发展,我们可以利用二代测序的数据来鉴定出发生在不同疾病当中的融合基因,所以也就出现了很多来寻找融合基因的数据库。今天就来给大家介绍几个融合基因查询的数据库。

TumorFusions(https://www.tumorfusions.org/)

提到高通量测序的数据,肯定是绕不开TCGA的数据库。那么庞大的测序量,只要是有新的共同量分析的方法,肯定有人用这个数据来进行分析的。这个TumorFusions数据库就是基于TCGA的数据来预测融合基因的数据库。

数据库的使用基于不同的目的检索就行,我们只需要在不同的检索目的当中输入符合要求的结果就行。例如我们可以在肿瘤类型当中选择—KIRC这个肿瘤来查看所有的融合基因的结果。

这个数据库提供了多种基于不同分析策略得到的结果(Tier 1/2/3/4)。这个分析等级的话越高,得到的结果阈值越低。作者建议如果要进行研究的话选择Tier 1/2最好。

数据结果的呈现,是以表格的形式呈现的,结果当中显示了在什么样本当中哪两个基因存在融合以及融合的位置。

至于结果下载的话,这个数据库说直接在下载按钮当中下载结果即可。但是现在没有了下载按钮。。。这个就找不到了。所以需要数据的话,可以和试着去和作者要一下数据结果。

ChimerDB 4.0(https://www.kobic.re.kr/chimerdb_mirror/)

这个数据库利用多种分析方式得到的不同的融合基因。同时把这种不同的检索分析方法分成了三种不同的分类

  • ChimerPub: 基于pubmed检索来获得和基于实验为目的的融合基因结果,利用这个条目我们可以获得实验验证的结果
  • ChimerKB: 数据库除了文章检索也纳入了一些疾病相关数据库的数据。
  • ChimerSeq: 基于高通量测序分析得到的结果了,这个里面也包括TCGA的数据。由于是高通量分析的结果,所以得到的结果也比其他两个多很多。
  •  

我们需要做的就是选择不同的分析方法,进行进一步的筛选即可。

结果首先是以表格的形式来呈现的。我们可以在表格当中看到哪两个基因存在融合关系。

如果我们想要看其中一个融合基因的相互作用关系的话,可以点击具体的某一个融合基因,下面就会显示其基本的信息,其中包括:具体的融合方式、各自基因的蛋白相互作用、基因表达情况、和拷贝数的关系以及融合相互作用关系图

关于数据下载的话,这个数据库提供了每一个检索策略的数据结果的所有下载内容。但是关于TCGA的数据的话,只是提供了一个具体的结果,并没有具体到什么样子存在什么融合,这样也没办法让我们自己来分析TCGA的融合基因事件和相关临床表型的关系。

ChiTaRS 5.0(http://chitars.md.biu.ac.il/index.html)

这个数据库算是很权威的数据库了,这个数据库可以检索人类,小鼠,果蝇,大鼠,斑马鱼,牛,猪和酵母八个物种的融合基因。同时数据库结合了多种检测数据,基本上这个算是目前很全的关于融合基因检测的数据库了。数据库的检索方式也很简单,这个大家一看就懂。限于文章的篇幅,我们就不介绍了(主要是这个数据库的界面,看着乱。。。)

工具介绍

BioRender包含免疫、微生物素材的在线科研作图网站

2020-5-26 15:49:45

工具介绍

基因相关信息查询:ncbi旗下的gene数据库

2020-5-27 11:56:46

声明 本网站部分文章源于互联网,出于传递更多信息和学习之目的转载,并不保证内容正确或赞同其观点。
如转载稿涉及失效、版权等问题,请立即联系管理员;我们会予以修改、删除相关文章,请留言反馈
Notice: When your legal rights are being violated, please send an email to: [email protected]
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索