1999年，美国学者Kenneth Kinzler和BertVogelstein首次提出“数字PCR（digitalPCR，dPCR）”概念，该技术通过数数的方法，实现核酸分子的绝对定量。
数字PCR技术，是一种荧光定量PCR技术的升级技术。依然是利用染料法或Taqman探针法进行的荧光检测，不同的是dPCR是终点检测荧光信号，qPCR是实时检测荧光信号。而数字PCR之所以是荧光定量的升级技术，主要是利用单分子扩增实现核酸的绝对定量。数字PCR将单个DNA分子置于独立的反应室中，并对其进行PCR扩增，利用TaqMan探针法或染料法检测特定的靶序列。因此，数字PCR检测主要包括三步：第一，通过特定技术将PCR反应混合液分散到几万个反应单元（反应室）；第二，单分子在反应室中扩增；第三，PCR结束后检测荧光信号，最后通过泊松分布统计数数，计算出样本的拷贝数，实现核酸分子的绝对定量。与qPCR相比dPCR的绝对定量不需要利用标准曲线实现定量，而是直接可以通过单分子扩增结合泊松分布统计，既可实现绝对定量。
因此，数字PCR与荧光定量PCR不同点，主要体现在数字PCR需要进行分区后扩增，而荧光定量PCR是不需要分区扩增，而这种分区即可实现核酸分子的单分子扩增，单分子扩增既可以提高扩增效率，同时可以提高荧光检测的灵敏性和数据的可重复性。
图2.数字PCR操作流程
数字PCR的主要核心点在于将PCR反应液分区至数万微反应单元，实现单分子扩增。不同厂家利用不同方法实现核酸分子的分区，目前数字PCR分区方法主要包括3种：微流体数字PCR(Microfluidicdigital PCR，mdPCR)、微滴数字PCR(Dropletdigital PCR，ddPCR)和芯片数字PCR(Chipdigital PCR，cdPCR)。分别通过微流体通道、微液滴或微流体芯片实现分液，分隔开的每个微小区域都可进行单独的PCR反应，其中mdPCR基于微流控技术，对DNA模板进行分液，微流控技术能实现样品纳升级或更小液滴的生成，但液滴需要特殊吸附方式再与PCR反应体系结合，mdPCR已逐渐被其他方式取代；ddPCR技术，是相对成熟的数字PCR平台，利用油包水微滴生成技术，目前的仪器主要有Bio-rad公司的QX100/QX200微滴式dPCR系统和RainDance公司的RainDropTMdPCR系统，其中Bio-rad公司的dPCR系统利用油包水生成技术将含有核酸分子的反应体系生成20000个纳升级微滴，经PCR扩增后，微滴分析仪逐个对每个微滴进行检测；cdPCR利用微流控芯片技术将样品的制备、反应、分离和检测等集成到一块芯片上，目前的仪器主要有Fluidigm公司的Bio-Mark™基因分析系统，Life Technologies公司的QuantStudio系统和JN Medsys公司的Clarity系统。利用集成流体通路技术在硅片或石英玻璃上刻上许多微管和微腔体，通过不同的控制阀门控制溶液在其中的流动来实现生物样品的分液、混合、PCR扩增，实现绝对定量。
实时荧光定量PCR可以进行绝对定量和相对定量，其中绝对定量是用一系列已知浓度的标准品制作标准曲线，在相同的条件下目的基因测得的荧光信号量同标准曲线进行比较，从而得到目的基因的量，标准品可选择纯化的质粒DNA或体外合成的ssDNA等，其实qPCR的绝对定量是相对标准品的定量，并非完全地绝对定量；相对定量通过内参等进行换算起始样品中DNA的相对含量。数字PCR是基于传统PCR、实时荧光定量PCR基础上发展起来的第3代PCR技术，它不需要标准品，也不要制作标准曲线，即能实现更灵敏、更准确的绝对定量。同时，数字PCR是单分子扩增技术，能够有效避免反应抑制剂的影响。随着反应室的增加，反应受到抑制剂的影响就越小。
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dPCR（数字PCR） |
qPCR（荧光定量PCR） |
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灵敏度 |
更高（0.01%） |
高（1%） |
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特异性 |
高 |
高 |
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数据重复性 |
高 |
低 |
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绝对定量 |
是（拷贝数） |
否（ct值） |
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定量需要标准曲线 |
否 |
是 |
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单分子扩增 |
是 |
否 |
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检测方法 |
终点荧光 |
实时荧光 |
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Taqman探针法 |
是 |
是 |
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Eva Green/SYBR Green |
是 |
是 |
数字PCR明显的优势，已经广泛应用于核酸检测的方方面面。肿瘤液态活检，遗传生殖检测，公共卫生检测，环境微生物检测，RNA表达检测，NGS文库定量，甲基化检测的等。后期将推出数字PCR具体的应用，欢迎大家持续关注。也希望大家了解数字PCR后，能够更好地解决目前难以解决的问题。
