文献解读:免疫浸润结合新冠病毒

今天和大家分享一篇2020年4月新鲜出炉的纯生信文章,发表在大家熟悉的Aging上,影响因子5.515。理论上Aging目前已经不再接收纯生信文章,需要结合湿实验进一步验证。那么这篇文章有什么特别之处呢?

题目:ACE2 correlated with immune infiltration serves as a prognostic biomarker in endometrial carcinoma and renal papillary cell carcinoma: implication for COVID-19

ACE2与免疫浸润相关,可作为子宫内膜癌和肾乳头状细胞癌的预后生物标志物:对COVID-19的意义

这篇文章是通过Aging的“新冠肺炎”专题通道发表的,3月11日投稿,4月4日接收,仅仅用了24天。疫情期间,当你宅在家里悠然度日时,勤奋的人早已喜提5分文章。所以说,努力要趁早!

主要结果解读

1.人类癌症中的mRNA表达水平

作者首先在Oncomine数据库中分析ACE2在不同癌种的表达水平,随后在TCGA数据库进一步探究ACE2在不同肿瘤与正常组织之间的表达水平。结果显示在KIRP和UCEC中ACE2表达水平较高。ACE2作为SARS-CoV-2 的受体蛋白,这预示着ACE2高表达的肿瘤组织可能对SARS-CoV-2 更易感。

2.ACE2预测不同癌症的预后

作者利用PrognoScan、GEPIA 和Kaplan-Meier plotter 三个数据库分析ACE2表达水平与不同癌症预后的关系。结果显示KIRP和UCEC中ACE2的高表达可提示预后良好。在肝细胞癌和肺腺癌中也观察到相似的结果。

 

3.ACE2转录水平与肿瘤免疫浸润相关

用TIMER算法来确定ACE2表达与免疫细胞浸润之间可能存在的联系。结果表明,在肝细胞癌和肺腺癌中ACE2与B细胞,CD4+T细胞,树突状细胞和中性粒细胞浸润水平呈极弱负相关;在KIRP中ACE2与巨噬细胞浸润水平呈正相关;在UCEC中,ACE2与B细胞,CD4+T细胞,树突状细胞和中性粒细胞浸润水平呈正相关。

 

4.ACE2表达与免疫细胞分型标志物相关

作者进一步探讨KIRP和UCEC中ACE2表达与不同免疫细胞分型标志物的关系。结果表明在UCEC中,ACE2与B细胞中的FCRL2和MS4A1呈正相关;与中性粒细胞中的FCGR3B,CEACAM3,SIGLEC5,CSF3R,S100A12和巨噬细胞中的CD84呈正相关。在KIRP中,ACE2与巨噬细胞中的CD68和CD84以及单核细胞中的C3AR1呈正相关。校正肿瘤纯度和年龄后,这些相关性保持不变。这进一步证实了ACE2在KIRP和UCEC中的表达与免疫浸润相关。

 

5.基于免疫细胞分析ACE2表达与不同肿瘤预后的关系

通过Kaplan Meier plotter对不同肿瘤在相关免疫细胞亚群中ACE2的表达水平进行预后分析。结果显示,UCEC中B细胞富集、CD4+记忆T细胞富集、CD8+T细胞富集和巨噬细胞富集的队列中ACE2的高表达具有较好的预后。同样,KIRP中ACE2高表达在调节性T细胞富集和Th1细胞富集队列中预后较好。以上分析提示,UCEC和KIRP中ACE2的高表达可能是通过免疫浸润而影响预后的。

 

6.UCEC和KIRP中ACE2的启动子甲基化水平降低

作者利用UALCAN数据库探究UCEC和KIRP中ACE2启动子的甲基化水平。结果显示,UCEC和KIRP中ACE2启动子的甲基化水平明显低于正常组织。

 

7.SARS-CoV-2感染可能会降低ACE2表达

作者选择GSE30589GSE52920数据分析SARS-CoV感染Vero E6细胞和小鼠肺后ACE2表达的变化。结果表明,与正常对照组相比,Vero E6细胞和小鼠肺ACE2的表达明显降低。提示SARS-CoV-2感染后ACE2表达可能降低。

 

结论

在UCEC和KIRP中,ACE2高表达。ACE2升高与UCEC、KIRP的免疫浸润水平及预后呈正相关。此外,UCEC和KIRP患者更易感染SARS-CoV-2。感染SARS-CoV-2的肿瘤组织ACE2表达水平降低,从而导致免疫浸润减少,进而预后恶化。

这篇文章整体分析比较简单,但是逻辑比较清晰且能够自圆其说,最终给出对临床具有指导性的结论。同时“蹭上”免疫浸润和新冠病毒两大热点,还是比较有新意的。只要你善于挖掘,紧跟热点,纯生信发5分文章也不是不可能!一起加油吧!

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