文献解读:lncRNA高分的常规分析思路

LncRNA是肿瘤研究领域的大热门,今天给文献解读来自Molecular Cancer(IF=10.67)题目为“m6A-induced lncRNA PR11 triggers the dissemination of colorectal cancer cell via upregulation of Zeb 1”,虽说期刊是高分顶刊,但思路常规,适合学习模仿,让我们一起来汲取好文章的营养。

背景介绍

长链非编码RNA可以通过多种机制调控基因表达,在肿瘤的发生和发展过程中发挥着致癌和抑癌的双重作用。从目前研究来看,LncRNAs在易转移的癌症如肺癌、乳腺癌等发生进程中能够促进转移和肿瘤的发生,但其在结直肠癌 (CRC)转移中的作用尚未被明确阐明,因此鉴定CRC相关的LncRNAs并研究其在肿瘤发生和发展中的作用有望揭开结肠癌转移的神秘面纱。

思路阐述

首先文章利用芯片技术检测正常组织和CRC组织中LncRNAs的表达谱差异表达分析发现差异高表达的非编码RNA—-LncRNA-RP11,随后通过PCR证实其在实验组中高表达,通过查询目前已有的数据库也证实这种结果的存在。

           

接着文章从体内外两种角度,研究LncRNA-RP11在结肠癌发生发展中的生物学作用。从体外实验首先证明RP11过表达能够明显促进CRC细胞的迁移和扩散,接着通过体外高表达RP11基因发现还能促进肿瘤的增殖。同时体内实验显示导入稳定高表达RP11的癌症细胞,在饲养几周后发现能够转移至小鼠肝脏组织中。体内外实验表明RP11可以诱导CRC细胞的迁移、侵袭。

既然发现现象,那么原因何在?于是进行机制探究,通过一系列复杂的实验

发现hnRNPA2B1蛋白能够与RP11直接结合。同时查阅文献发现已有研究表明hnRNP2B1是一种RNA结合蛋白,于是文章又是一顿实验操作猛如虎,通过结构证实hnRNP2B1的确能够结合RP11。因此RP11主要通过与hnRNP2B1蛋白形成RP11-hnRNPA2B1-mRNA复合体调控下游基因的表达。

           

最终文章得出结论:新发现的lncRNA RP11可以通过翻译后上调Zeb1来诱导结肠癌细胞的迁移和扩散,并证实RP11主要通过与hnRNP2B1蛋白形成复合体来调控下游基因的表达和在肿瘤转移中起调节作用,建议将LncRNA-RP11作为预测结肠癌转移及预后的重要生物标志进一步研究。

全文思路

           

学习借鉴

本文利用测序技术、RNA Pull Down、定量PCR等技术,不断发现新现象并通过多种实验手段进行验证,反复挖掘不断验证,最终形成顶刊文章,最后放大招,总结汇总目前LncRNA研究主要的“三步走”原则,抛砖引玉,希望你能够站在前人的肩膀上研究更上一层楼。

1.差异筛选:通过测序技术和高通量芯片等手段进行差异LncRNA高通量表达筛选;

2.大海捞鱼:利用生物信息学和数据挖掘处理,从大量差异的LncRNA选择与研究相关的潜在作用的LncRNA;

3.大胆假设,小心求证:确定目标LncRNA,并设计实验进行生物学功能验证和机制探究,更进一步,确定疾病及预后的重要Biomarker或治疗靶点指标升华和拔高研究。

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