在生信分析中，常常会使用STRING网站+Cytoscape软件来制作蛋白互作网络图（PPI）。既可以是任意你感兴趣的一些蛋白，也可以是差异分析中上调下调的基因集，下面介绍一下操作的步骤。
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方法一：先在网页中操作，然后将数据导入cytoscape
方法二：通过插件，直接将基因集导入cytoscape
用cytoscape进一步处理图片
方法一：先在网页中操作，然后将数据导入cytoscape
首先我们进入STRING网站的官网(网址为https://string-db.org/)，界面很简单明了，左侧一栏是网站的输入方式，右侧一栏是我们的蛋白输入框。通常我们在做PPI时选择输入方式是“Multipleproteins”，即多个蛋白的输入。
选择好蛋白的输入方式后，输入一列差异基因，STRING网站对基因的限制条件是不超过2000个基因，格式也是每行一个基因名(或者说是蛋白名字吧，总之就是差异基因所表达的蛋白)。简而言之，这个页面上的操作的步骤是先选择“Multiple protenins”，然后输入基因名，最后选择“Homo sapiens”。
然后点击“SEARCH”选项，检查一下对应的蛋白名称对不对，如果是对的，继续点击“CONTINUE”选项。
这样就做好了一张PPI图，但是看上去还是比较杂乱的，因此我们需要通过Cytoscape软件对PPI图进一步做美化处理。
下拉当前页面，可以看到一行菜单，Legend菜单里面是关于网络图中Nodes和Edges的注释，了解一下。
Settings菜单功能比较重要，比如我们对Edges的选择，“confidence”是通过线条的粗细来反映蛋白之间相互作用的强弱。如果我们制作的网络图比较分散，我们可以通过设置“minimum required interaction score”将conbined_score调高来调整PPI，使图形看上去更紧密。
在Analysis菜单里面，我们可以查看network的一些信息，包括nodes、edges、degree、PPI富集分数的P值等，同时我们也能查看GO和KEGG功能富集信息及其他信息。
Clusters菜单，是将PPI网络进行聚类，点击APPLY。
我们可以看到，通过聚类后，蛋白通过聚类形成不同颜色的成簇分布的蛋白互作网络图。
如果我们想要在Cytoscape软件中调整网络图，直接点击“Exports”选项，下载TSV格式的文件保存。
保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一，当我们在STRING网站完成PPI制作之后，就可以打开Cytoscape软件了。
导入数据：File-Import-Network-file,然后选择TSV格式的文件。
方法二：通过插件，直接将基因集导入cytoscape
1、先安装stringApp插件
打开cytoscape软件。点击Apps/App manager/Install Apps/
有时候反应比较慢，等反应完之后，选择stringApp插件进行安装即可。安装完之后，可以直接导入蛋白名称，生成string网络PPI作用图。
选择File/Import/Network from public Databases
选择STRING: protein query
在空白框中填入蛋白名字列表，选择Confidence cutoff和maximum additional interacters。
用cytoscape进一步处理图片
1、改变图形的样式，有模板可以选
2、节点和边的属性，批量操作
通过导入包含节点或边属性的txt文件来完成，格式如下。
导入前，保证我们正在操作的网络是被选中的。
3、改变节点的形状
4、改变节点形状的大小
还可以设置成两边大中间小的，使用add增加中值的点，根据需要自己调整
5、改变节点的颜色
6、如果节点之间是有方向的，可以给边加箭头
7、调整边的颜色大小及线型
8、导出图片
File/Export/Network to image,推荐选择矢量图，方便后期修改，也就是选择pdf和svg格式
9、保存我们所有的设置
为所有的操作保存记录，避免忘记自己的操作了。
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