ETCM:中医药百科全书数据库

一、数据库简介

ETCM2018年上线的一个中药综合资源数据库,论文发表于生物信息学顶级学术期刊核酸研究(NucleicAcid Research)。

数据库网址是:http://www.tcmip.cn/ETCM/index.php/Home/

 图1  ETCM数据库首页

    图1是数据库主页。

主页显示,ETCM汇集了402味草药、3959个中药复方、7284种中药化学成分、2266种药物靶标以及4323种相关疾病的信息。各个项目包含的详细信息见图2。其中草药包含产地、药味(酸、苦、甘、辛、咸)、药性(寒、热、温、凉、平)、归经(肺经、肝经等)、适应症、所含成分、质量控制标准等信息;复方包含名称、剂型、组成、适用症、所含成分等信息;成分包含化合物的分子式、分子量、多种理化指标、ADME参数、类药性等级等信息。

             图2  ETCM数据库包含的内容

    下表显示了数据库中各部分信息的来源。其中化合物的类药性评价采用的是Bickerton团队于2012年发表于Nature Chemistry的算法。靶标预测采用的是MedChemStudio(3.0)软件。MedChemStudio是药物相似性搜索软件,用于查找与中药成分具有高度结构相似性(Tanimoto>0.8)的已知药物,从而进行靶标预测。Tanimoto的值限定在[0,1]的范围内,其中“0”表示成分和已知药物之间结构完全不同,“1”表示两种成分具有相同的结构。针对用户输入的中药成分,MedChemStudio经过筛选后,得到与输入化合物的Tanimoto > 0.8的药物的靶标,作为预测的靶标。

    二、草药查询

以黄连为例,介绍草药信息查询。查询步骤见下图。

 

在下面页面获得草药的药性、药味、归经信息。

 

点击链接,进入草药详细页面信息。将页面往下拉,会看到草药的标志性成分,以及草药包含的化合物和化合物对应的靶标之间的对应关系,见下图。

      但是,数据库没有提供这部分信息的下载,只能在网页上复制这部分内容,再粘贴到EXCEL表格里,自己整理成规范的化合物-靶标对应关系表。

这个页面还有靶标的功能富集分析结果等,大家可以参考。

 

   三、化合物查询

 

以小檗碱为例,介绍化合物信息的查询。

可以在草药页面,直接点击相应化合物的链接,进入化合物页面。也可以在首页查询,见下图。

 

 

下一个页面显示化合物的分子式、类药性分值和类药性等级的信息。其中类药性分值在0~1之间,分值小于0.49对应的类药性等级是weak, 分值在0.49~0.67之间对应的类药性等级是moderate,大于0.67对应good.

点击化合物链接,进入化合物详细信息页面。页面上方是化合物的各种ADME指标和类药性等级。见下图。

往下拉,会看到化合物的靶标,与化合物相关的疾病、草药、复方的信息等,见下图。

这个页面的信息是可以下载的,步骤见下图。

参考文献:

  1. Xu HY, Zhang YQ, Liu ZM, Chen T, Lv CY, Tang SH, Zhang XB, Zhang W, Li ZY, Zhou RR, Yang HJ, Wang XJ, Huang LQ. ETCM: an encyclopaedia of traditional Chinese medicine. Nucleic Acids Res. 2018 Oct 26. doi: 10.1093/nar/gky987.
  2. G. Richard Bickerton, Gaia V. Paolini, Jeremy Besnard, Sorel Muresan,Andrew L. Hopkins,Quantifying the chemical beauty of drugs, Nature Chemistry 4(2):90-8 · February 2012Nature Chemistry 4(2):90-8 · February 2012 
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