ctcRbase数据库:挖掘研究热点循环肿瘤细胞

循环肿瘤细胞/微栓子(CTCs / CTM)是从癌性病变中脱离并脱落到血液中的肿瘤细胞。CTCs / CTM分析可以实现对晚期癌症的非侵入性监测,以及肿瘤转移的早期检测。过无创液体活检分析CTCs / CTM来研究癌细胞生物标志物的表达已成为癌症研究中最热门的领域之一

2020515华东师范大学生科院发布的ctcRbase数据库,收集了来自TCGA、GEO各种肿瘤类型CTCCTM转录组表达数据。ctcRbase总共收集了526个肿瘤样本,14631mRNA3642lncRNA的表达信息ctcRbase提供原发性肿瘤和白细胞(WBC)的表达数据。构建了一个易于使用的界面来查询和浏览CTC / CTM中的基因表达。

1. 数据库查询与搜索
search”页面中输入目标基因名称(Gene SymbolEnsemble IDEntrez ID,选择目标肿瘤类型。以TP53search的结果页面列出了数据库ID,基因符号,基因类别,癌症类型和CTC / CTM分离方法。 

点击Details会显示主要以下结果会显示基因搜索结果的详细信息。
单基因搜索的结果页面有五个主要部分:i一般信息提供了数据库ID,癌症类型,数据集和CTC / CTM分离方法。ii)基因信息显示基因注释信息,包括基因符号,全名,类别,同义词,位置和基因摘要。(iii)文献描述ctcRbase提供了从Pubmed精选的有关CTC / CTM中特定基因的功能含义的文献描述。v)基因表达ctcRbase显示原发癌,CTC / CTM和全血细胞(WBC)的表达水平。此外,ctcRbase比较原发性肿瘤,CTC / CTM和转移之间的基因表达。v)竞争性内源RNA网络用户可以在线查看miRNA–lncRNA–mRNA的调控网络。
2.  结果展示
主要结果一:原发性肿瘤,CTCWBC的基因表达箱线图

主要结果二:会表达肿瘤转移不同部位的表达差异箱线图 

主要结果三:竞争性内源RNA网络预测
各种RNA可以相互竞争,并通过竞争内源性RNA相互调节。网站利用RNAhybridmiRandaPITA软件预测了竞争性内源RNA网络。Cytoscape软件用于可视化网络 

3. 数据信息下载
除此之外,网站还提供了收集整理好的数据可供下载分析

4. 总结

CTC / CTM已被证明是癌症诊断中的一种有前途的方法,其应用范围从肿瘤早期检测到治疗选择。与其他肿瘤成分(例如循环肿瘤DNActDNA))相比,CTC / CTM为生信分析研究人员提供了完整的基因组和转录组信息来源。
尽管已经发布了许多单细胞RNA测序数据,但研究人员很难使用这些数据,并且没有可访问的数据库。ctcRbase是第一个用于搜索和可视化CTC / CTM及其原发肿瘤,WBC和转移部位的表达模式的数据库。为研究人员了解肿瘤转移中的基因表达模式提供了更好的方法。
网站目前的功能还少,ctcRbase未来还会不断更新并提供更多信息,包括:(i)更多的CTC / CTM转录组数据;(iiCTC / CTM及其配对的原发肿瘤的DNA甲基化数据;(iii)更全面的CTC / CTM基因组数据,包括拷贝数变异数据和突变变异数据。
 
ctcRbase数据库的官方网址是http://www.origin-gene.cn/database/ctcRbase/index.html 感兴趣的小伙伴快来使用吧。
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