循环肿瘤细胞/微栓子（CTCs / CTM）是指从癌性病变中脱离并脱落到血液中的肿瘤细胞。CTCs / CTM分析可以实现对晚期癌症的非侵入性监测，以及肿瘤转移的早期检测。通过无创液体活检分析CTCs / CTM来研究癌细胞生物标志物的表达，已成为癌症研究中最热门的领域之一。
2020年5月15日华东师范大学生科院发布的ctcRbase数据库，收集了来自TCGA、GEO各种肿瘤类型CTC和CTM的转录组表达数据。ctcRbase总共收集了526个肿瘤样本，14631个mRNA和3642个lncRNA的表达信息。ctcRbase还提供原发性肿瘤和白细胞（WBC）的表达数据。构建了一个易于使用的界面来查询和浏览CTC / CTM中的基因表达。
在“search”页面中输入目标基因名称（Gene Symbol，Ensemble ID或Entrez ID），选择目标肿瘤类型。以TP53，search的结果页面会列出了数据库ID，基因符号，基因类别，癌症类型和CTC / CTM分离方法。
点击Details会显示主要以下结果会显示基因搜索结果的详细信息。
单基因搜索的结果页面有五个主要部分：（i）一般信息：提供了数据库ID，癌症类型，数据集和CTC / CTM分离方法。（ii）基因信息：显示基因注释信息，包括基因符号，全名，类别，同义词，位置和基因摘要。（iii）文献描述：ctcRbase提供了从Pubmed精选的有关CTC / CTM中特定基因的功能含义的文献描述。（v）基因表达：ctcRbase显示原发癌，CTC / CTM和全血细胞（WBC）的表达水平。此外，ctcRbase还比较了原发性肿瘤，CTC / CTM和转移灶之间的基因表达。（v）竞争性内源RNA网络：用户可以在线查看miRNA–lncRNA–mRNA的调控网络。
主要结果一：原发性肿瘤，CTC，WBC的基因表达箱线图
主要结果二：会表达肿瘤转移不同部位的表达差异箱线图
各种RNA可以相互竞争，并通过竞争内源性RNA相互调节。网站利用RNAhybrid，miRanda和PITA软件预测了竞争性内源RNA网络。Cytoscape软件用于可视化网络。
除此之外，网站还提供了收集整理好的数据可供下载分析
4. 总结
CTC / CTM已被证明是癌症诊断中的一种有前途的方法，其应用范围从肿瘤早期检测到治疗选择。与其他肿瘤成分（例如循环肿瘤DNA（ctDNA））相比，CTC / CTM为生信分析研究人员提供了完整的基因组和转录组信息来源。
尽管已经发布了许多单细胞RNA测序数据，但研究人员很难使用这些数据，并且没有可访问的数据库。ctcRbase是第一个用于搜索和可视化CTC / CTM及其原发肿瘤，WBC和转移部位的表达模式的数据库。为研究人员了解肿瘤转移中的基因表达模式提供了更好的方法。
网站目前的功能还少，ctcRbase未来还会不断更新并提供更多信息，包括：（i）更多的CTC / CTM转录组数据；（ii）CTC / CTM及其配对的原发肿瘤的DNA甲基化数据；（iii）更全面的CTC / CTM基因组数据，包括拷贝数变异数据和突变变异数据。
ctcRbase数据库的官方网址是http://www.origin-gene.cn/database/ctcRbase/index.html 感兴趣的小伙伴快来使用吧。
