MISIM:mircoRNA 相似性查询数据库

我们有时候在做mircoRNA芯片分析的时候。经常能分析得到很多候选地mircoRNA，那么对于这些miRNA怎么选择呢？他们之间是否存在功能上的相似性？这个时候就可以用到MISIM数据库了。

MISIM（http://www.lirmed.com/misim/Home）是一个可以用来预测miRNA之间相似性的数据库。

如上图所示，MISIM一共分为五个功能。其中两个是比较miRNA之间的相似性的功能。其中分别是输入多个miRNA，比较miRNA之间的相似性。另外一个是输入一个miRNA，寻找和这个miRNA功能相似的miRNA。剩下的三个是用来查询miRNA和疾病之间相似性的数据库。

这次就只介绍一下miRNA之间的相似性比较。

 

输入

在候选miRNA之间相互比较的数据库当中：

1. 我们需要输入一系列的候选miRNA。需要注意的是，这些miRNA是前体miRNA，而不是成熟的miRNA。
2. 选择是否考虑其上下调的关系。

 

输出

点击submit后我们可以得到各个miRNA之间的相似性结果。

同时结果当中也提供了对于各个miRNA之间的相互作用网络。我们点击Show Network就可以得到miRNA之间的相互作用关系图。

另外点击Functional Enrichment可以得到其中的富集分析结果。这个富集分析的结果和我们传统意义上的富集分析是不一样的，一个是富集分析输入的miRNA和哪些miRNA有关，另外一个是富集分析输入的miRNA和哪些疾病有关。

 

下载

在数据库当中也提供了Download的选项，这个可以下载数据库的所有数据来进行数据的DIY。

 

数据库总结

我们在进行组学分析的时候，如果是做miRNA芯片，经常会得很多的差异表达的miRNA。这个时候，其实可以通过这个数据库来比较一下这些差异的miRNA有相似度高不高，这样就可以进一步的选择相似度高的来进行多个miRNA研究了。