肿瘤干细胞指数的两种生信研究套路

mRNAsi是一种描述肿瘤细胞与干细胞相似程度的指标,可以认为是CSCs的量化。干细胞具有自我更新以及治疗耐药性的特征,在癌症中发挥着重要作用。
目前研究肿瘤干细胞大多通过RNA计算的mRNAsi进行相似程度评估。
小编通过对19年和20年的文章进行研究,总体上说一共有两种相关的设计思路。
第一种:mRNAsi评分高低分型
代表文章:胱癌癌症干细胞(CSCs)的文章[Frontiers in Oncology;2019.7]
1. 在BLCA中mRNAsi的分子亚型以及临床特征
2. 筛选差异表达基因
由于正常mRNAsi与肿瘤有显著差异,作者进一步进行了差异表达分析。从分析中筛选出8,510个DEGs,其中5,422个上调,3,088个下调。(图1B)
3. WGCNA: 识别最显著的基因和模块
4. 模块的功能富集分析
5. 关键基因表达的分析与验证
图3
6. 因果关系以及蛋白质相互作用
7. 关键基因和上游基因存在共表达
第二种:mRNAsi相关的基因
代表文章:Prognostic Value of a StemnessIndex-Associated Signature inPrimary Lower-Grade Glioma [Frontiers in genetics;2020.5]
主要通过TCGA中已经公布的mRNAsi相关的基因直接跟差异基因取交集。然后包括差异分析、WGCNA、富集分析、风险模型、免疫评分,外部验证等。
1、整体分析流程图
2、WGCNA分析
3、功能富集分析
4、森林图预后分析
5、KM曲线和模型验证
文献解读

文献解读:m6A+免疫浸润

2020-5-18 17:09:15

文献解读

文献解读:3分的ceRNA生信分析文章思路

2020-5-18 17:15:58

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