文献解读:M6a热点结合肿瘤生信挖掘

继非编码RNA之后,m6A RNA甲基化成了炙手可热的新明星。2020年1月至5月初,总计有275篇m6A相关研究发表,平均每月60篇左右。其中不乏一些高分文章,如Nature及Science。
借助m6A这一热点,深陷非编码泥坑的生信分析文章也再次看到了曙光,今天我们先来看看第一缕光长啥样:研究m6A相关基因在疾病中的作用(不同的数据来源+不同的目标基因+不同的疾病=我好像看到了雪花般的文章向我扑来)
现在我们通过一篇文章来解读解读,看看是怎样的新花样,这么让人乐不思蜀。。。

这项研究里,作者以肝细胞癌(HCC)作为研究对象,探讨了m6A相关基因在HCC中的基因特征,以及这些特征对HCC患者的临床表现和预后的预测价值。
1. m6A相关基因的特征分析
首先作者在TIMER数据库中查看了16个m6A相关基因在各种癌症中的表达情况,发现m6A相关基因存在较为普遍的表达失调。与对照样本相比,多数m6A相关基因在50个TCGA-LIHC 样本中显著上调(笔者旁白:不要盲目做事情哈,至少先做个预分析看一下整个项目的可能性吧,毕竟靶子数量有限,还是存在打空的可能的)
随后在cBioportal for Cancer Genomics 数据库中查看了m6A相关基因的突变情况,发现m6A相关基因更倾向于扩增及缺失类突变。

16个m6A相关基因在HCC中的表达及基因改变
 
2. m6A相关基因的预后及临床性状单因素多因素回归分析
基于30个HCC样本的临床信息,进行单因素(根据单因素回归分析的结果,判断是否需要将其纳入到多因素回归分析中,同时还能进一步充实文章内容啊)及多因素回归分析,晚期TNM和METTL3高表达是总生存(OS)和无复发生存期(RFS)的独立负预后因素,YTHDF2、YTHDF3和ZC3H13的高表达水平也被发现分别是OS的独立负预后和正预后因素。
(1)临床性状单因素多因素回归分析

(2)独立预后因素的生存分析
KM生存分析(Kaplan–Meier curve analysis)也呈现与多因素回归分析较为一致的结果(结论被夯实了,朴素的表格加上花哨的图,完美~~)

独立预后因素在HCC中的KM生存分析
(3)HCC亚组(按TNM期分组)中的KM生存分析
基于TNM分期,将样本进一步分组,探究相关基因在TNM(I + II )及TNM( III+IV )病人中的预后表现(进一步证实目标基因的预后标志物功能之强大,毕竟人家在疾病的不同发展时期都表现不错呀),在两组样本中,METTL3和YTHDF2表达水平越高,均表现为OS越差。

HCC亚组中的KM生存分析

3.METTL3、ZC3H13、YTHDF2对OS预后的联合效应分析
基于发现METTL3、ZC3H13、YTHDF2和YTHDF3是HCC的OS独立预后基因,作者进行了联合效应分析,以进一步研究这些预后基因的联合预后作用(作者在这部分做了很多情况的排列组合,看的人眼花缭乱,建议引入一个score值来统一展示)

联合效应分析
4.METTL3的表观遗传机制分析
鉴于METTL3是OS和RFS的独立预后因素,作者随后探究了METTL3失调的潜在机制。UCSC Xena数据库显示METTL3表达与CNV及部分DNA甲基化位点相关,与体细胞突变无关。

HCC中 METTL3 的突变、CNV和甲基化分析
5. METTL3的ceRNA调控网络机制分析
基于TCGA和cBioportal for Cancer Genomics数据库中360个HCC 样本及50个正常样本的lncRNA及miRNA数据,鉴定了与METTL3表达相关的393个上调基因及59个下调基因,并构建了包含8个lncRNA、6个miRNA、10个mRNA的ceRNA调控网络,用来解释HCC中METTL3高表达的潜在调控机制。

HCC中METTL3失调的潜在调控机制
以上是整个研究的内容,希望能对大家自己的科研起到一定的借鉴作用,其他条道上的曙光我们下期继续聊。
文章下载链接:https://www.sci-hub.ren/10.1007/s10620-020-06260-z。
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