文献解读:M6a热点结合肿瘤生信挖掘

继非编码RNA之后，m6A RNA甲基化成了炙手可热的新明星。2020年1月至5月初，总计有275篇m6A相关研究发表，平均每月60篇左右。其中不乏一些高分文章，如Nature及Science。

借助m6A这一热点，深陷非编码泥坑的生信分析文章也再次看到了曙光，今天我们先来看看第一缕光长啥样：研究m6A相关基因在疾病中的作用（不同的数据来源+不同的目标基因+不同的疾病＝我好像看到了雪花般的文章向我扑来）。

现在我们通过一篇文章来解读解读，看看是怎样的新花样，这么让人乐不思蜀。。。

这项研究里，作者以肝细胞癌（HCC）作为研究对象，探讨了m6A相关基因在HCC中的基因特征，以及这些特征对HCC患者的临床表现和预后的预测价值。

1. m6A相关基因的特征分析

首先作者在TIMER数据库中查看了16个m6A相关基因在各种癌症中的表达情况，发现m6A相关基因存在较为普遍的表达失调。与对照样本相比，多数m6A相关基因在50个TCGA-LIHC 样本中显著上调（笔者旁白：不要盲目做事情哈，至少先做个预分析看一下整个项目的可能性吧，毕竟靶子数量有限，还是存在打空的可能的）。

随后在cBioportal for Cancer Genomics 数据库中查看了m6A相关基因的突变情况，发现m6A相关基因更倾向于扩增及缺失类突变。

16个m6A相关基因在HCC中的表达及基因改变

 

2. m6A相关基因的预后及临床性状单因素多因素回归分析

基于30个HCC样本的临床信息，进行单因素（根据单因素回归分析的结果，判断是否需要将其纳入到多因素回归分析中，同时还能进一步充实文章内容啊）及多因素回归分析，晚期TNM和METTL3高表达是总生存（OS）和无复发生存期（RFS）的独立负预后因素，YTHDF2、YTHDF3和ZC3H13的高表达水平也被发现分别是OS的独立负预后和正预后因素。

（1）临床性状单因素多因素回归分析

（2）独立预后因素的生存分析

KM生存分析（Kaplan–Meier curve analysis）也呈现与多因素回归分析较为一致的结果（结论被夯实了，朴素的表格加上花哨的图，完美~~）。

独立预后因素在HCC中的KM生存分析

（3）HCC亚组（按TNM期分组）中的KM生存分析

基于TNM分期，将样本进一步分组，探究相关基因在TNM（I + II ）及TNM（ III+IV ）病人中的预后表现（进一步证实目标基因的预后标志物功能之强大，毕竟人家在疾病的不同发展时期都表现不错呀），在两组样本中，METTL3和YTHDF2表达水平越高，均表现为OS越差。

HCC亚组中的KM生存分析

3．METTL3、ZC3H13、YTHDF2对OS预后的联合效应分析

基于发现METTL3、ZC3H13、YTHDF2和YTHDF3是HCC的OS独立预后基因，作者进行了联合效应分析，以进一步研究这些预后基因的联合预后作用（作者在这部分做了很多情况的排列组合，看的人眼花缭乱，建议引入一个score值来统一展示）。

联合效应分析

4．METTL3的表观遗传机制分析

鉴于METTL3是OS和RFS的独立预后因素，作者随后探究了METTL3失调的潜在机制。UCSC Xena数据库显示METTL3表达与CNV及部分DNA甲基化位点相关，与体细胞突变无关。

HCC中 METTL3 的突变、CNV和甲基化分析

5. METTL3的ceRNA调控网络机制分析

基于TCGA和cBioportal for Cancer Genomics数据库中360个HCC 样本及50个正常样本的lncRNA及miRNA数据，鉴定了与METTL3表达相关的393个上调基因及59个下调基因，并构建了包含8个lncRNA、6个miRNA、10个mRNA的ceRNA调控网络，用来解释HCC中METTL3高表达的潜在调控机制。

HCC中METTL3失调的潜在调控机制

以上是整个研究的内容，希望能对大家自己的科研起到一定的借鉴作用，其他条道上的曙光我们下期继续聊。

文章下载链接：https://www.sci-hub.ren/10.1007/s10620-020-06260-z。