m6A文献解读

前几天我们一直在介绍m6A相关的数据库,正好之前看过一篇关于m6A的文献。这里就来做一下这个文献的抄读吧。
今天抄读的这篇文献是2019年来自于中山大学发表的一篇m6A相关的文献。

METTL3在结肠癌当中的基本结果

为了评价m6A在大肠癌当中的作用,作者首先评价了 m6A 的相关基因在 TCGA 数据库当中的结肠癌的差异表达的情况,同时利用自己的医院的样本来检验这些差异表达结果的情况,并发现 METTL3 在验证的结果当中存在表达差异。

一般做组织样本分析的除了做癌和正常的分析,也会进一步的表达和各种临床信息有没有差异的。所以作者就做了关于METTL3和各种临床信息的分析。这一般肯定会做很多临床数据的分析,至于结果的话,可能就是哪个有意义就上哪个了。

SOX2受到METTL3介导的m6A甲基化的调控

在上面进行各个细胞系表达验证的时候,作者发现 METTL3 在 SW480 以及 SW620 之间的蛋白表达存在差异。这一对细胞系是从单个患者的腹部转移灶和原发肿瘤中分离出的一对细胞系,两种细胞系表现出不同的转移能力可能说明METTL3和肿瘤的转移存在关系。

对于m6A测序方面的分析,就是使用MeRIP-seq了。所以作者做了两组不同的MeRIP-seq的分析,一组是SW480 vs SW620,另外一组由于METTL3在SW620当中表达高,所以就做了SW620 VS 敲除METTL3的SW620细胞系(这个分组的SW620估计就是之前的第一组的那个吧)。由于我们也介绍过MeRIP-seq只能说明m6A和哪个位置结合,但是并不能说明影响表达,对于相同的分组,作者也做了RNA-seq的分析。

通过最后的交叉分析,最后可以得到158个基因是是两个分组重叠出来的结果。

进一步对这158个基因进行了富集分析,说明这158个基因主要是和干细胞分化有关系,说明METTL3介导的转移有可能是通过干细胞分析通路来形式作用的。这里作者使用的富集分析网站是: metascape。富集分析的网站很多,同时也可以使用我们推荐的这个,WebSestalt富集分析软件

 

既然知道干细胞分化了,那就要看里面都有说明基因了,所以作者查看了分析结果发现,在干细胞分化里面有SEMA3A、BCHE、ZFP36L2以及SOX2这三个基因,所以下一步就要看这几个基因的具体结果了。首先看的还是在MeRIP-seq当中的峰值的变化结果,同时也会看相对应的m6A表达水平的结果以及蛋白相对于不同分组的蛋白表达的结果

METTL3促进体外结肠癌细胞干性以及肿瘤细胞的迁移能力

由于通过以上的分析确定了METTL3的功能,作者下一步就是做基础实验了,基础实验的目的主要还是确定METTL3是怎么形式发挥细胞干性和肿瘤迁移能力的作用的。具体实验也就是常规的一些东西。这个感兴趣的可以自己看一下,限于公众号内容的篇幅我们就不介绍具体结果了。

IGF2BP2可以通过m6A甲基化来提高SOX2mRNA的稳定性

由于SOX2 m6A的状态需要另外的基因来维持,所以进一步的,作者做了RNA pull down的实验来寻找和SOX2同时又是m6A相关的基因,最终发现 IGF2BP2可以和SOX2的RNA结合。

对于其结合位置的预测,作者这里使用了之前我们介绍的一个m6A相关的数据库,也是相对来说最早的m6A数据库了:SRAMP

进一步的为了确定其直接结合关系,作者也做了相关的RIP实验。同时也通过了TCGA公共数据库来观察了SOX2和IGF2BP2的表达共线性。关于这个预测使用的则是GEPIA数据库。关于GEPIA数据库,我们也介绍过基本的使用方法。可能是最出名的TCGA表达相关数据库介绍(一)可能是最出名的TCGA表达分析数据库(二)

最后就是一顿敲除验证来说明SOX2、IGF2BP2以及METTL2之间的关系的实验

结肠癌中METTL3,SOX2和IGF2BP2的临床相关性

基本实验做完了,为了丰富内容可以再到临床验本里面观察最后发现的这些相互调控基因的相关性,所以作者就又在临床数据里面做了相关的实验和分析。

文章总结

本的文章形式就是这样的了。为什么要介绍这文章呢?主要还是这篇文章属于一些测序寻找方向+相关基础实验验证的模式。在文章的某一个部分都有基本的测序数据来为其指导研究方向的。这个里面提到的一些TCGA数据分析,以及富集分析还有m6A结合位点的预测的网站我们也都有介绍具体的可以看我们之前的帖子哈

 

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