英国最新研究表明新冠病毒2019年10月已首次感染人类

导语:一项来自英国科学家团队的最新研究显示:新冠病毒在去年10月6日至12月11日期间首次从宿主感染人类,随后以极快的速度迅速在全球人口中进行传播。

该研究于5月5日发表在Infection Genetics and Evolution杂志,题为:Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2 ,通讯作者是伦敦大学学院基因研究所主任弗朗索瓦·巴卢(Francois Balloux)教授。
 
巴卢教授和他的同事们分析了GISAID平台截至2020年4月19日,来自全球的7666名新冠患者的全基因组序列后发现:
 
  • 新冠病毒在2019年10月6日至2019年12月11日期间首次从宿主感染人类

 

  • 感染人类后,病毒在首例感染后快速地扩散,迅速在世界范围内传播;

 

  • 新冠病毒基因组中的198个位点已经发生了反复的独立突变。但这并不意味着它正在恶化,目前还不能确定变异是否改变病毒的传播性和毒性。

 

  • 突变后的新冠病毒正在不断适应其人类宿主。

 

我们非常、非常、非常有信心确定病毒进入人类宿主发生在去年年底。”论文通讯作者巴卢教授说。
 
来自基因序列的信息还表明,病毒在欧洲和美国开始传播的时间要早于官方公布首例病例的时间至少一个月。
 
a)截至2020年4月19日在全球范围内可用的病毒汇编。b)研究分析包含上传到GISAID的病毒程序集的总数。c)7666个完整的SARS-CoV-2基因组的基因树。颜色代表收集分离株的大洲。绿色:亚洲;红色:欧洲;紫色:北美;橙色:大洋洲;深蓝色:南美洲
 
研究结果排除了任何有关“隐性传播”——“病毒很早就在人群中传播并因此感染了大部分人口”的场景
 
我们确认新冠病毒去年10月至11月期间首次感染了人类,随后在全球传播中表现出了基因的多样性,这暗示了很多国家可能通过多次传播输入了这种病毒,其中一些输入病毒的时间可能在疫情发生的初期。”巴卢教授表示。
 
这一结论与此前一篇由复旦大学公共卫生临床中心张永振教授与合作者悉尼大学爱德华·霍尔莫斯(Edward Holmes)教授3月26日在Cell上发表文章的结论不同。
 
张永振和霍尔莫斯教授的论文称,新冠疫情在大规模暴发前,可能已经在人群中经历了一段时间的“隐性”传播,早期由于感染者无症状、症状轻微或者零星的肺炎病例未引起注意,直到病毒获得关键点位的突变,更好地适应人类宿主。
 
但巴卢教授坚信,他的研究结果排除了任何有关“病毒很早就在人群中传播并因此感染了大部分人口”的场景。
 
“我非常确定这个病毒是在去年晚些时候才感染人类的,因为我们收集的来自全球各个角落的所有基因序列样本,表现出的多个变异都是类似的。”巴卢教授表示。
 
英国,美国,冰岛和中国的SARSCoV-2基因组多样性。从四个国家收集的毒株基因树突:a)在美国收集的毒株以紫色显示。b)来自英国的毒株以红色显示。c)以红色显示在冰岛收集的毒株。d)以绿色显示在中国收集的毒株。
 
大多数的基因突变是‘沉默的’,基因突变率相当稳定,低于流感
 
如果巴卢教授的研究结论是正确的,那么对于西方希望建立起来的“群体免疫”无疑是一个坏消息。根据“群体免疫”的概念,病毒通过在人群中的长期传播,能够让大部分人获得免疫能力。
 
根据巴卢教授的预测,全球人口中至多只有10%暴露在这种病毒中,可能建立起免疫力。这距离“群体免疫”60%的感染目标还很远
 
来自基因序列的信息还表明,病毒在欧洲和美国开始传播的时间要早于官方公布首例病例的时间至少一个月。这也与近期美国尸检和欧洲核酸检测复验结果相符。法国对12月至1月的肺炎患者的核酸检测复验结果显示,最早感染新冠肺炎的患者出现在去年12月底。
 
巴卢教授研究团队对基因变异分析得出的结论称,目前所有的新冠病毒基因序列都与去年年底最早发现的病毒基因序列拥有共同的祖先,这与此前其他研究团队发表的结果基本一致。
 
此外,通过对近200个独立发生多次突变的子集进行研究后,巴卢教授团队的研究人员发现,这些不断适应新宿主的病毒基因突变仅占全部突变不到5%的比例。“大多数的基因突变是‘沉默的’,基因突变率相当稳定,低于流感。”巴卢教授在Twitter中写道。
 
“病毒变异是一直在发生的,但这并不是说变异一定会让情况更糟糕。我们目前还不能确定变异是否改变了病毒的传染性和毒性。”巴卢教授表示。不过他认为,对于多次突变的基因进行密切的监测,有助于掌握其传播、毒力以及疫苗逃逸的线索。
 
关于基因变异的监测对于全球新冠药物和疫苗的研发至关重要。尤其是疫苗的研发,需要针对病毒较为稳定的部分进行免疫。
 
论文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134820301829
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