文献解读:TCGA转移的泛癌研究

作者提取了TCGA数据库的4473个肿瘤样本和395个肿瘤的转移样本进行分析,这比普通的T、N比较要有新颖性一些。

figure1 就是将11种癌症分别进行差异性分析。

figure2 相当于巨大的韦恩图,找出上调的交集和下调的基因交集,然后再画出这821个具有交集的差异基因的热图。

figure3就是差异基因的GO啦,那为什么有两个热图?当然是上调画一个,下调画一个呗。然后又拿出了receptor activity涉及的基因来做了个ppi网络。为什么只拿了它?为什么呢?我也不敢问

其实可能是作者认为receptor活动相关的基因,更有可能具有蛋白与蛋白之间的互作吧

figure4 就比较强大了,居然用到了多个GEO数据库的外部验证,估计寻找这些有意义的数据也是够呛。不过,这给了我们很大的启发。不想做实验?外部验证吧!

figure5 就到了老生常谈的,你找出来的这些基因得有意义哦,那往往就是要影响预后呗。此处用了前列腺癌进行验证,因为5A中 PRAD的评分最高。

figure6 这一张figure也比较强大,用的是多组学的分析,即涉及到了miRNA、甲基化等。虽然其实涉略不深,但人家就是有啊!

好了,全文结束。

从这篇4+分的文献可以看出来,泛癌的研究,想要达到4+分,如果不想做实验,一般要有外部验证,甚至要纵向延伸,涉及多组学的分析。你觉得呢?

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