新冠病毒数据分析(10):新冠病毒数据分析手册

新冠病毒数据分析的内容到这里就告一段落了,很遗憾,我们只能提供一些方法的介绍,无法得到任何科学结论,也许期待的结论还需要很久很久。疫情还在继续,虽然国内疫情有所控制,但依然不能掉以轻心,记得最开始的时候南美洲巴西只有一列病例,所谓“为山九仞,功亏一篑”,越是关键时刻,越需要小心谨慎,况且疫情之后还需要更多的路要走,而科学上的工作也还需要有大量的事情去做,“路漫漫其修远兮,吾将上下而求索”。


新冠病毒数据分析手册

在我公众号写新冠病毒数据分析期间阅读了大量材料,其中一项重要材料就是biostar问答网站创始人编写的Coronavirus Genome Analysis Guide》,很好的内容,作者更新了好几次,我最喜欢吐槽GISAID的内容,作者用了整整一个章节来吐槽GISAID的数据管理策略。对本书感兴趣的可以自行购买。我不会学一些比较low的公众号买下来,然后搞活动让你们转发+截图+后台三步骤,然后传播盗版,虽然很多人前赴后继,乐此不疲。但是我很鄙视这种行为。这不是什么清不清高的问题,希望大家支持作者创作,我们的公众号的读者朋友们至少都是本科学位以上,如果我们国家高学历群体都不支持正版,你还能要求其他群体支持正版吗。

https://www.biostarhandbook.com/books/corona/index.html

CDCgov Github

美国疾控中心Github主页也提供一个专门的新冠病毒数据分析页面,里面提供了

很多新型冠状病毒数据分析相关的内容,非常的全面。

链接地址:https://github.com/CDCgov/SARS-CoV-2_Sequencing

  • Sequencing Protocols
  • Bioinformatic Tools, Scripts and Workflows
  • Quality Management
  • Submitting to Public Sequence Repositories
  • Linking Sequence Accessions
  • Other Useful References and Resources
  • Notices and Disclaimers

该页面会持续进行更新,大家可以持续关注。

总结

在生命科学的数据分析中,比较大的基因组分析起来难度较大,因为测序,存储,计算都比较困难。另一个极端就是病毒基因组,尽管病毒基因组非常小,但其实分析起来难度是很大的。说起来都比较荒诞,你可能都不敢相信,只有不到3万个由AUGC组合的序列,居然将世界搞的天翻地覆,暂停了公元2020年,疫情过后,政治经济文化军事历史将再一次改写,这就是生命的力量。

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2020-4-19 7:24:48

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