生物信息任务管理全集

在进行生物信息分析过程中,一些任务往往需要运行很久,这里就涉及到Linux系统的任务系统,生物软件运行时要能够查看运行状态,实时监控软件运行状态,例如CPU,内存使用情况等,当运行出现错误时,要能够及时杀死任务,以及任务前后台切换,是否挂起等操作,有时候了解一个命令就可以解决很大的问题。这次内容,我们将介绍生物信息任务管理相关命令大全。


任务状态

top命令与ps命令可以用于查看Linux系统运行状态,类似于windows系统的任务管理器,其中top用于动态显示,ps用于静态显示,htop是高级版的top,显示结果更加人性化。

top  #press "q" to exit 查看系统运行状态   
top -b  # press "Ctrl +C" to exit   
top -c   
top -u "yourname"   
htop htop查看系统运行状态  
ps  静态查看系统运行   
ps -fx   
ps -aux  

 

任务控制

ctrl+C :终止任务
ctrl+D :退出任务,相当于exit
ctrl+Z :暂停任务
pidof :获取进程ID
kill -9 "process number"  杀死进程   
killall :杀死全部进程  

后台执行

& :在语句结尾添加,表示后台运行
jobs :查看后台进程 
fg :将任务放后台程序   
bg :将后天任务放到前台   
#fg,bg可以接数字,表示操作第几个任务
time:对任务进行计时统计
nohup:不挂起运行程序,关闭登录窗口后程序继续运行  
disown:忘记使用nohup之后,将后台任务转换为nohup

定时任务

at :一次性定时任务
crontab:周期性定时任务

使用案例

#利用flye拼接nanopore测序数据
#使用time命令进行计时
echo "time flye --nano-raw SRX5299446.sra.fastq -o flye -t 24 -g 5m >flye.log 2>flye.err" >flye.sh
#运行脚本,前面加nohup,后面接&
nohup sh flye.sh &
#利用jobs查看任务
jobs
#利用top监控程序是否运行
top -u $USER
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