美国吹哨团队公布1-3月份“流感”样本的新冠肺炎复测结果

3月2日,我们曾发布了美国病毒科学家Trevor Bedford博士通过推特发出的警告:美国已经发生了为期六周的隐秘传播实际上,Trevor Bedford所在的西雅图流感研究所(Seattle Flu Study)是最早发现美国华盛顿州社区传播并提出警告的研究中心;而其一连串的吹哨过程,同样无比艰难。

近日,为了回复关于新冠肺炎传播的谣言,Trevor Bedford博士推特上公布了其研究结果,用充分的证据否定了“美国2019年秋天即已经爆发新冠病毒蔓延”的这一说法,并捋清了美国新冠病毒的播散史。

(来源:https://twitter.com/trvrb/)
该研究的关键方法
 
上面这部分推特内容直接说清楚了,
目的:
验证关于新冠肺炎于2019年即在美国传播开的说法是否是准确。
样本:
西雅图流感研究所保存的样本,时间从2020年1月到3月10日。所有样本均来自于有流感样症状的患者。其中2020年1月有3600份,2月有3308份。
方法:
通过新型冠状病毒核酸检测所得生物遗传学,寻找新冠肺炎感染的证据,及寻找检测到病毒之间的遗传学关系。
主要结果
 
如下图,该研究所样本库中发现的首例样本是2020年2月21日。
(来源:https://twitter.com/trvrb/)
1),2020年1月所有3600个样品中,没有任何患者感染新型冠状病毒
2),2020年2月3308个样本中,有10名流感样症状患者新型冠状病毒核酸阳性,最早患者样品为2月21日。
(来源:https://twitter.com/trvrb/)
3),这些患者还合并其他呼吸道病毒感染,如包括流感,RSV,鼻病毒,偏肺病毒和季节性冠状病毒(季节性冠状病毒通常是引起30%普通感冒的原因)(如上图)。
(来源:https://twitter.com/trvrb/)
4),对病毒之间的遗传学关系研究发现了其遗传学变化及突变链。如下所示
(来源:https://twitter.com/trvrb/)
目前已经查到了数百种病毒变异,在美国最早新冠病毒出现在一月;同时,使用病毒谱系中观察到的遗传变化的数量也可以推测其共同祖先的日期。
5),同时可以看到,在美国检测到的病毒的来源有多种途径,1月下旬来自于中国,2月份则多来自于欧洲
(来源:https://twitter.com/trvrb/)
结论
 
总结Trevor Bedford得出的主要结论,
1),西雅图流感并非新冠病毒所致,西雅图地区新冠肺炎社区广泛传播可追回到了2月份。
2),在美国最早新冠病毒出现在一月。
3)在美国检测到的病毒的来源有多种途径,1月下旬来自于中国,2月份则多来自于欧洲。
西雅图流感研究所艰辛吹哨史
早在2020年1月底,获知美国首例确诊冠状病毒出现在美国西雅图(美国首例新型)之后。西雅图流感研究所的传染病专家,西雅图流感研究所负责人海伦·Y·朱(Helen Y. Chu,华裔)博士凭着自己职业敏感性,即提出疑问“这个人感染了其他人吗?致命病毒是否已经潜伏在其他社区并在传播?”
当时他们通过自己的技术和研究生保存用于做流感研究的样本,检测到了一例未曾被报道的COVID-19患者
但联邦和州官员说,
由于没有得到研究对象的明确许可,实验室也未获得临床工作认证,该流感研究不能被再做任何COVID-19研究。
 
这个片段是否似曾相识?
尽管研究所认为,在关乎众多生命的紧急情况下,应该有更大的灵活性。
但在后面的周一晚上,州监管机构要求他们完全停止测试
海伦·朱博士不断上交申请,要求获得批准,使研究所能够监测新冠病毒。包括在此期间,前疾控中心高级官员斯科特·道威尔(Scott F. Dowell)博士也向疾控中心负责应对冠状病毒的主管寻求帮助。
答案仍然是:No.
2月24日,随着新的病例开始在美国出现,美国CDC提供的试剂盒出现了严重质量问题;但类似西雅图流感研究所这样的科研机构仍然无法获得检测授权。
海伦·朱博士及其同事无法等下去,他们继续做了检测并且再次发现一例确诊病例。然而却面临着艰难的选择:如果报告,意味着研究所的违规检测曝光,可能对于之前已经被警告过的研究所是灾难性的。
他们还是第一时间报告了当地的卫生官员。
 
得到的结果是,联邦政府的信息直截了当要求,“住手,不要再这么干了,”“停止测试”。
 
随后,美国新冠肺炎失控了。
3月2日,这种情况下,华盛顿大学(University of Washington)西雅图流感研究所审查委员会认定,在公共卫生紧急情况下,研究人员如果不进行检测并报告结果,是不道德的。
从那时起,西雅图流感研究所发现并报告了许多其他病例,所有病例均已得到确认。
海伦·朱说,现在回想起来,她能理解为什么过去几周有那些阻碍疫情研究的规定。“这些保护措施的存在是有原因的,”她说。“你想保护实验对象。你想以合乎伦理的方式做事。”
她说,令人沮丧的是,在一场可能在华盛顿州暴发,并在许多其他地区蔓延的疫情中,人们花了许多时间才得以突破繁文缛节去挽救生命。
“我想那时候人们不知道,”她说。
“我们现在知道了。”
 
资料来源:
https://twitter.com/trvrb/
https://www.nytimes.com/2020/03/10/us/coronavirus-testing-delays.html
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