用R来做临床研究亚组分析的森林图教程

前面我给大家分享过一些R语言的资料,在编程语言里R语言最强大的功能是做图功能,我们知道在做Meta分析的时候会需要做森林图,实际上我们在很多临床研究中也经常看到森林图,主要是亚组分析的森林图,比如下面这篇文章里的一个森林图:
今天就教教大家怎么用R语言来做上面这种亚组分析的森林图
1. 在Excel里编辑好数据,按照下面的格式整理,保存为csv格式
2. 下载安装R跟Rstudio
R软件的下载地址:
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
Rstudio下载地址:
https://rstudio.com/products/rstudio/download/
RStudio是一款R语言的IDE,R自身软件用起来可能不是很方便,而Rstudio很好地解决了这个问题,而且它还具有调试、可视化等功能,支持纯R脚本、Rmarkdown (脚本文档混排)、Bookdown (脚本文档混排成书)、Shiny (交互式网络应用)等。
安装顺序:①R ②RStudio
R是RStudio的基础,必须先安装R,再安装RStudio。即使只使用RStudio,还是需要事先为计算机安装好R。RStudio只是辅助你使用R进行编辑的工具,因为它自身并不附带R程序。
3. 下载安装forestplot
(1)打开Rtudio,首先要设置包的安装来源,在Tools中点击Global Options,在弹出来的对话框中修改Packages的来源,找一个中国(China)的地址,下载速度比较快。


(2)安装forestplot包
在Rstudio中右下角选择Packages,点击Install,在弹出来的对话框中输入forestplot,然后点击install
安装完成后在左下角代码运行环境会有提示:
4. 加载forestplot,在左上角输入代码:
library(foresplot)
然后Ctrl+回车执行代码
5. 导入Excel数据
可以通过下面的代码导入外部数据,我们的Excel文件保存的是csv格式,注意文件要放在你的R工作路径下。
 
setwd函数可以设置工作路径,比如你的数据放在D盘study文件夹,那么输入setwd(“D:/study),并执行。
然后输入下面代码
forest <- read.csv(‘forest.csv’,header = FALSE)
也可以通过Rstudio右上角Import Dataset导入外部数据
注意用菜单导入的时候要把Excel文件另存为xlsx格式,同时去掉第一行为变量名的勾,另外第一行的变量名跟上面代码导入的也有差别。
6. 然后输入下面红框里的代码,绿色内容为每行代码的解释,有疑问的可以留言讨论
7.森林图绘制完成,点击右下角的Export,选择导出为PDF格式,然后下拉菜单选择自定义大小,修改下大小为15×15,可以修改保存位置和文件名。
8.打开PDF,看看我们做出来的森林图,还是不错的吧。
9.因为导出的是矢量图你可以进一步用AI(Adobe Illustrator)软件对森林图进行修改,所有内容都可以美化修改
总结一下,R软件绘图功能是很强大的,对于新手来说学习代码确实有点枯燥,但只要你肯用心一定能学会,R绘图功能目前已经广泛应用在各个领域,对这个比较感兴趣的可以试试。
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4 条回复 A文章作者 M管理员
  1. ❄️

    分享的不对能不能别乱发,浪费彼此时间

  2. ❄️

    输入完用哪个显示森林图

  3. 1176966561

    请问老师这个p value是怎么计算的

  4. 公众号是什么

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